中国饲料››2024,Vol. 1››Issue (15): 49-56.DOI:10.15906/j.cnki.cn11-2975/s.2023070020-07
摘要:通过对不同性别东乡绿壳蛋鸡的全基因组甲基化的差异分析,检测差异甲基化区域(DMR),分析KEGG通路,为东乡绿壳蛋鸡表观遗传学研究提供参考。试验选取6只120日龄的东乡绿壳蛋鸡,分为公鸡组(LE_COCK)和母鸡组(LE_HEN),每组3只鸡,采集血液提取DNA进行全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)分析。结果表明:东乡绿壳蛋鸡全基因组上的mC率母鸡和公鸡分别为2.27%和2.03%,母鸡比公鸡高0.24个百分点(P > 0.05)|CG岛是发生甲基化的主要序列类型,母鸡比公鸡高4.33个百分点(P > 0.05)|CHG和CHH甲基化类型低于0.11%|CHG甲基化位点的第2位偏向于A|CHH甲基化位点的第2位偏向于A,第3位偏向于T|在CG类型序列中,内含子和3’UTR区域的甲基化水平均高于15%|5’UTR和外显子区域甲基化水平不足10%|16,25号常染色体和一条性染色体甲基化水平较高。东乡绿壳蛋母鸡甲基化水平更高的DMR相关基因在黏附斑,ECM受体互作通路,肌动蛋白细胞骨架的调控,MAPK信号通路等信号通路富集。东乡绿壳蛋公鸡甲基化水平更高的DMR相关基因主要在类固醇生物合成,Notch信号通路,泛素介导的蛋白降解等信号通路富集。研究表明不同性别东乡绿壳蛋鸡具有不同的DMR甲基化特征,母鸡骨骼肌生长发育通路DMR相关基因甲基化水平高于公鸡,而卵泡形成和雌激素相关通路的DMR相关基因甲基化水平低于公鸡。
[关键词] 东乡绿壳蛋鸡|血液|WGBS技术|DNA甲基化
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