摘要：为分析复合益生菌饲喂肉鸡回肠转录组中的新转录本预测、可变剪接事件和SNP，选择200只1日龄黄麻肉鸡随机分为2组，每组5个重复，每个重复20只。对照组正常饮水，益生菌组饮用水中补充1%复合菌制剂，试验分为生长前期（1 ~ 21 d）、后期（22 ~ 42 d）两个阶段。42日龄时进行肉鸡屠宰试验,取对照组和益生菌组回肠各3个样本进行转录组测序。对测序数据进行分析，共发现1047个新基因，20176个新转录本，276个新基因在GO数据库中得到归类注释。对转录组数据进行可变剪接分析，外显子跳跃（SE）占可变剪接类型的比例最高，共筛选到1131个显著的差异剪接基因，在外显子跳跃（SE）、第一个外显子可变剪接（A5SS）、最后一个外显子可变剪接（A3SS）、外显子选择性跳跃（MXE）、内含子滞留（RI）事件中鉴定到的差异剪接基因数分别为588、139、176、136、92。对获得的差异剪接基因进行GO富集分析，主要富集在代谢和免疫GO term。KEGG富集到了胞吞作用、MAPK信号通路等。在各样品中大多数碱基取代均为转换大于颠换，其中转换单核苷酸多态性（SNP）所占百分比为73.53% ~ 73.94%|颠换型SNP所占百分比为26.05% ~ 26.47%。试验对对照组、益生菌组肉鸡的回肠进行了RNA-seq测序分析，为发掘复合益生菌作用于肉鸡回肠中的可变剪接事件提供基础，为进一步了解复合益生菌作用于肉鸡回肠中新转录本的发现和SNP位点提供了数据支撑。
[关键词] 肉鸡|RNA-seq|新转录本|SNP|可变剪接

中图分类号:

• S811.3