在所有农用动物中，沙门氏菌是特别重要的一类病原菌。沙门氏菌污染可引起食用者严重患病。在最近几年，由沙门氏菌污染食物引发人类患病的事已受到公众的重视，这将影响到整个农业从饲料原料生产到饲料加工、动物生产和食物加工沙门氏菌的感染链。
该感染链指出饲料原料和成品饲料是引发感染的前奏，最终导致人的沙门氏菌感染。人的食品加工下脚料通常循环成为动物饲料，这一过程明显维持了感染的循环。家养动物、草食动物和野生动物也通过粪便排泄污染饲料。
用沙门氏菌污染了的饲料饲喂动物，是导致人的食品原料污染的主要路径。为了生产无沙门氏菌污染的动物，必须供给动物无沙门氏菌污染的饲料。沙门氏菌污染的饲料不可避免地成为新的沙门氏菌感染的起动点。
饲料原料和饲粮的沙门氏菌污染控制并不容易。首先须要严格管理并建立一套优质卫生的防疫程序。
沙门氏菌很容易在自然环境以及动物体内存活和增殖。它们可以在饲料原料、饲料、粪便、灰尘和孵化废物中存活很长的时间。沙门氏菌在低水分的原料中也可以成活。一般而言，当原料变得干燥时，沙门氏菌的耐热性提高。因此饲料原料和干燥的饲料即使在生产和加工过程中，经过各种热处理阶段后，也可能含有沙门氏菌。在这些干燥的原料中，沙门氏菌也能成活相当长的时间。
沙门氏菌有几千种血清型，但对饲料和家禽业最重要的可能是肠炎沙门氏菌和鼠伤寒沙门氏菌。这两种沙门氏菌可造成幼龄家禽死亡，但对成年家禽一般不致病。不幸地是，这两种血清型的沙门氏菌侵袭各种年龄的家禽，增加了鸡蛋内部污染的风险。肠炎沙门氏菌和鼠伤寒沙门氏菌的侵袭特性可使其存在于部分健康或病愈家禽的卵巢和输卵管。
实验发现人工接种的沙门氏菌在鸡蛋黄内在室温条件下迅速生长，两天后沙门氏菌的增长停顿，并存活于蛋黄中，直至被食用。蛋黄是沙门氏菌的保护层，它明显提高沙门氏菌的耐热性，并引起人类的健康问题。
除非明显降低鸡群被污染饲料感染，否则上述问题将持续存在。现在公众意识和法律已高度重视饲料、动物和人类食品的沙门氏菌污染。
沙门氏菌的有效控制要求涉及该感染链的所有机构重视和积极参与，其结果是控制饲料原料质量的法规更为严格。若未采用正确的管理和预防措施，所有的饲料原料极易被沙门氏菌污染。这些饲料不仅包括动物蛋白原料如鱼粉、肉粉，而且也包括植物蛋白原料如菜粕、豆粕，决不要侥幸地假设某一特殊原料将不会受沙门氏菌污染。因此，良好的贮存和分隔饲料原料的操作规程是很重要的。
饲料生产过程中也可被沙门氏菌污染。这种污染既可能来自污染了的饲料原料，也可能由于饲料加工厂自身存在污染源。如果饲料加工设备已被污染，即使使用优质的饲料原料仍不能生产出无沙门氏菌的饲料。
由几种短链有机酸加工而成的产品，具有广泛的抑制沙门氏菌效能。这些有机酸是天然存在的化合物，能够由家禽代谢，不会残留于肉或蛋内，因此可以高剂量应用于动物饲料直至屠宰期。应用这些产品可以为饲料原料生产者、饲料加工者和动物生产者带来很大的灵活性，建立一套有效的沙门氏菌控制程序。
