按阶段使用对有残留的抗菌素要知道其残留量、排泄期。如青霉素要求在屠宰前两周停用，恩诺沙星类则要求在屠宰前1周停用，地克朱利要求在屠宰前3天停用。
按传染病类型选用有的大肠杆菌对氨苄敏感，有的对恩诺沙星类敏感，还有的对青霉素、链霉素敏感，要根据实验室，病理特点或药敏试验结果选用抗菌素。
交替使用一棚肉鸡饲养两上月，只使用一种抗菌素会引起耐药性，要四五种轮流使用。小鸡使用预防量，大鸡使用治疗量，疗程要短。也可与消毒药交替使用。消毒药可在几分钟至十几分钟杀死微生物和球虫卵，使鸡饮水清洁、少患病。
用菌苗代替如患大肠杆菌病，可用大肠杆菌苗；患巴氏杆菌病，可用霍乱杆菌苗；患传染性鼻炎，可用鼻炎弱毒苗预防接种。尽量减少使用抗菌素的次数和使用量。
用中草药替代把抗病毒、抗细菌药按期拌料饲喂，可防病毒病，也可防细菌病，这样就达到不接种疫苗，不发生传染病的目的。
不要与活性菌同用在使用抗菌素时，一定要注意这一点，否则会产生副作用或降低药效，影响生产成本或中毒。
不要与疫苗同时混用在接种时不能与抗菌素混用。
