禽流感防治工作是一项系统工程，需要有关各方密切配合，共同努力。各地、各部门要牢固树立全局观念、大局意识，做到既各司其职，又紧密合作。防控和处置疫情要服从大局，不打折扣，不走形式，不留隐患。中央各有关部门要加强与地方的联系，及时帮助地方解决困难和问题。毗邻地区之间要及时沟通信息，相互支持，加强协作，形成联防联控。
防治禽流感涉及的各主要职能部门要站在讲政治、讲大局的高度，积极主动地开展工作。畜牧行政主管部门要充分发挥职能作用，组织、协调好动物防疫工作，统一组织开展疫情监测、免疫、扑杀、消毒等工作。质检部门要会同海关、边防，把好进出境动物及产品检疫关，严防疫情传入传出。卫生部门要做好人群中高致病性禽流感发生情况的监测，加强与动物防疫部门的联系和信息沟通。发改委和财政部门要落实好防治经费和相关基础设施建设资金的投入。公安部门要协助做好疫区封锁和强制扑杀工作，做好疫区安全保卫和社会治安管理。工商行政管理部门要做好关闭疫区内禽类及其产品市场工作，加大力度打击违法经营畜禽及其产品行为。交通、商务部门也都要根据各自的职责，配合做好与防治禽流感相关的工作。
在做好禽流感防治工作的同时，各地、各部门要保证健康畜禽及其产品的正常流通和市场供应，不得非法设卡，不得以任何理由阻止其他地区健康畜禽及其产品的流通，更不得阻断正常的交通。
