二000年版《中国兽药典》二部收录了476种药材，成方制剂185种；检验方法也增加了薄层扫描、气相色谱法、液相色谱法等先进的技术，同时对某些品种还增加了含量测定。与过去相比，这是很大的进步，但从中医药的观点看，个别指标成分的控制，难以真正控制中药功效。因为每一味中药材都含有很多复杂的化学成份，要想精确地分析出其中具体含有哪些化学物质、每种化学物质的具体含量，实际上是不可能的。一来中药成份太复杂；二来中药为复方用药，研究单体并不能洞悉全貌。这就要求在尚不清楚全体化学成份情况下，寻找一种可行的方法来实现对物质整体质量的控制。
目前国际较为通用的是一种“指纹图谱”的鉴定方法。它既可以判断其所含的主要份分，还能通过色谱的大小，得出含量，但无须知道其确切的份和分子式，这正符合中医药作为整体综合的特点，成为中草药现代化的一个突破口。我国目前已规定所有中成药注射液必须提供指纹图谱，对口服中成药的指纹图谱的要求正在进一步实施之中。以“指纹图谱”作为中成药、草药提取物这类含有混合物质群的质量控制方法，已成为国际共识。
所谓“指纹分析”是借用了法医学的指纹鉴定概念，人的指纹有拱形、环形和螺纹形3种基本模式，这是人类的共性，但每一个人的指纹在细微处却绝对不同，这是指纹的唯一性。同理，对于同种植物药材，由于具有先天遗传性，其所含化学成份也具有遗传性，个体之间就必然有群体共有的特征，这样在他们的色谱图、光谱图或DNA序列等分析图谱（称之为指纹图谱）上就会表现出相同的特征。但由于植物的化学组成因生长环境、生长年限及炮制方法的不同而可能产生个体间较为明显的差异，在其指纹图谱中又会反映出其与群体的不相似性。中药指纹分析就是利用这一特点，通过分析同种药材或制剂，或者同一产品不同批号间的指纹图谱的差异，在不可能将中药复杂成分都搞清楚的情况下，反映出中药及其制剂内在质量的均一性和稳定性，差异越小，说明药材或产品的稳定性越好。因此指纹分析的最终目的就是判定原料或产品的质量是否稳定，确定其真伪及优劣。
指纹图谱能反映出产品的“共性”及“个性”。共性是指能体现出不同产地、不同采收期的同种药材或不同批号的同一种成品共同具有的某些特征（如色谱图中的共有峰）。“个性”是指能反映出该药材或成品有别于其它任何物质，以及能反映出同种药材由于产地或采收期不同造成的差异，对于成品，则能反映出同一产品不同批次间的差异。
