始祖鸟化石在鸟类化石中最有名，这次研究使用的是人类最早在１４０年前发现的始祖鸟化石，目前保存在德国柏林洪堡博物馆。丹麦哥本哈根大学动物学家佩尔·克里斯蒂安森和哥本哈根地质研究所古生物学家尼尔斯·邦德经标本分析认为，始祖鸟在背、腿以及可能在脖底处长有廓羽，而且这些廓羽与现代鸟类相似。
两位科学家的分析结果证实了此前关于这只始祖鸟后腿长有羽毛的说法。２００３年１０月，加拿大卡尔加里大学的一位研究生在《新科学家》杂志上发表报告，称柏林始祖鸟的腿长有３.５厘米长的羽毛，并认为这些羽毛太短不能用于飞翔，可能是始祖鸟的祖先有四个翅膀，这些羽毛是其后翼的残留物。
２００３年年初在中国辽西出土的小型食肉恐龙化石也有力地支持了最原始鸟类使用四翼滑翔的观点。这一被称为“顾氏小盗龙”的恐龙化石显示，其四肢均覆盖有飞行用的羽毛。顾氏小盗龙的出现晚于始祖鸟２０００万年，是现知与鸟类关系极为密切的最古老两脚食肉恐龙。克里斯蒂安森指出，事实上，始祖鸟除了长臂，其余骨骼不是与鸟类而是与小型食肉恐龙相同。
从顾氏小盗龙的发现和对始祖鸟腿上羽毛的分析，两位丹麦科学家还得出结论说，与飞行有关的进化过程是从羽毛开始的，而使鸟强壮善飞的那些骨骼上的变化，如鸟类典型的肩关节、有力的腕关节、短背和短尾，都是后来逐渐发生的。《新科学家》网站说，美国康涅狄格州大学的鸟类进化专家阿兰·布拉什也同意这一观点。
鸟类化石极其少有，要解决有关鸟类进化的问题需要发现和研究更多的化石。目前，始祖鸟化石仍然是已知最古老的带有羽毛的恐龙化石。全世界发现的６具始祖鸟化石中，只有３具身体上存有羽毛，而其中１具已丢失。
