对转基因农产品的贸易进行管制是世界很多国家的做法。现在还没有令人十分信服的科学证据证明转基因农产品是安全的或不安全的，怀疑转基因农产品的安全性的消费者有权知道他们消费的产品是否为转基因产品，他们有权选择零风险的产品。如果国家对转基因农产品的贸易不加管制，使转基因农产品象传统农产品一样进行贸易，消费者的知情权和消费选择权就得不到满足。另一方面，毕竟对转基因农产品的安全性的各种怀疑尚未得到科学家的一致证明，这一状况决定了一国对转基因农产品贸易可以采取的管制方式。由于没有确切的证据证明转基因农产品对人类的健康或环境是有害的，所以对这类产品的国际贸易不能采取禁止进出门这样的强硬措施，而只能采取安全评定、强制标识、进出口许可等方式，使这类产品的贸易在国家的管制下有条件地进行。
一、我国管制转基因农产品贸易的法律
我国国务院于2001年5月9日颁布了《农业转基因生物安全管理条例》，根据该条例，我国对转基因农产品的进口、出口和过境转移分别实施不同的管理方法，管制的重点是转基因农产品的进口。该条例规定我国对转基因农产品的进门实施安全分级管理评价制度和强制性标识制度。
《农业转基因生物安全管理条例》本来已规定于颁布之日起实施，但由于当时有关的实施细则尚未拟定，而且受该条例影响的国家，特别是美国，对这种法规自颁布之日实施的方式提出异议，认为这种法规实施方式与WTO的透明度原则有背，更好的方式是先行公布，然后过一段时间之后再实施，以使可能受法规影响的商人做适应新法规的调整和准备。所以该条例颁布后实际上并未立即实施。随后，我国农业部根据该条例又颁布了《农业转基因生物安全管理办法》、《农业转基因生物进口安全管理办法》和《农业转基因生物标识管理办法》，这三个“办法”都是条例的实施细则性质的，它们原定于2002年3月20日实施，但由于美国多次就上述法规的实施问题与中方磋商(美国向中国出口的转基因大豆和玉米将受上述法规实施的影响)，中国政府最后决定将实施上述法规的时间推迟至2002年年底。中国国家质检总局已经根据《农业转基因生物安全管理条例》制定了《进出境转基因产品检验检疫管理办法》，该办法将于2002年12月20日生效，届时中国的各口岸将根据《农业转基因生物安全管理条例》和有关的实施办法对进口的农业转基因生物进行检验检疫。
二、我国对转基因农产品的进口管制
我国对进口转基因农产品实施安全分级评价制度和强制行标识制度。我国把农业转基因生物按照其对人类、动植物、微生物和生态环境的危险程度，分为四个等级，由国家农业转基因生物安全委员会(隶属农业部)负责农业转基因生物进口的安全评价工作，农业转基因生物安全管理办公室负责农业转基因生物进门的安全管理工作。这两个机构每年仅组织两次转基因生物安全评审工作，对进口的转基因农产品，经评审合格的，发给农业转基因生物安全证书。我国的进口商或国外的出口商在进口时应凭农业部颁发的农业转基因生物安全证书向口岸检验检疫机构报检。
除了农业转基因生物安全证书以外，进口商或外国的出口商还需根据进口的转基因农产品的不同用途，例如用于研究和实验，或生产或用于加工原料等，申请不同的批准文件，这些批准文件可能要耗费申请人9个月的时间才能得到。
根据《农业转基因生物标识管理办法》，进口的转基因农产品还必须进行转基因标识，标识不但在进口时需要，而且当进口的转基因产品在国内被批发、零售或加工后再销售时仍然要进行标识。也就是说，转基因标识就象转基因产品的一种身份证，要跟随转基因产品通过生产和销售的各个环节，直到它们到达消费者手中。标识的办法分为三种，以进口转基因大豆为例：转基因的大豆在进口时应在外包装上或用标识板(牌)或在报检单上注明“转基因大豆”；进口后，如被加工为豆油销售，则应标注为“转基因大豆加工品”；如果某种面点用这种转基因豆油烘烤制成，但制成的面点中已经检测不出转基因成份，仍然要注明“本产品加工原料中含有转基因豆油，但本产品中已不再含有转基因成份”。
根据该管理办法的规定，进门的农业转基因生物标识要经过农业部的审查认可后方才可以使用，这意味着国外的出口商或国内的进口商在将有关的标识用于产品上之前，必须先将得到我国有关农业主管部门的认可。农业部现在已经将认可的权限下放到各省的农业局，例如北京市农业局就已经为行使这一权力制定了《农业转基因生物标识审查认可程序》。这种不能自行标识，必须先申请的办法，无疑增加了进出口商的工作。
值得一提的是，上述标识规定不但是对进口的转基因农产品的要求，同时，国产的转基因农产品也必须进行转基因标识。在这一问题上，必须给予进口的转基因农产品和国产的转基因农产品相同的待遇，才能符合世贸组织的国民待遇规则的要求。因此似乎可以期待，在上述有关的标识法规正式实施之后，我们将能在市场上看到无论是国产的还是进口的转基因农产品，都按照法规进行了严格的标识，但实际上这种情景并不容易实现。原因有以下几点：首先，根据《农业转基因生物标识管理办法》，并非所有的转基因农产品都必须进行标识，而只是列入农业转基因生物标识目录中的才必须遵守标识的规定，该目录由农业部门和国务院的其他部门会商确定、调整和公布。目前列入第一批实施标识管理的转基因生物目录中的有五类17种产品，它们是大豆种子、大豆、大豆粉、大豆油、豆粕；玉米种子、玉米、玉米粉油菜种子、油菜籽粕；棉花种子；蕃茄种子、鲜番茄和番茄酱。政府通过这种有限列举的方法来制定目录，可以灵活地控制转基因标识制度的实施范围和实施力度。从范围上看，第一批被要求进行转基因标识的农产品有较强的针对性，即主要是针对我国进口较多的转基因农产品。而对于我国国内大量种植的转基因水稻和其他转基因农产品，例如甜椒，并没有在第一批中作出标识要求。从力度上看，实际上是进口环节管理得严，而国内加工或销售管理得松。以转基因大豆为例，只有五种转基因大豆产品被要求进行标识，实际上大豆在进口之后，除了榨油以外，可以被加工成多种产品，例如豆奶粉、豆浆、豆腐、腐乳、酱油等，豆油还可以与其他食用油混合成烹调油，其在食品和食物加工过程中更是被广泛应用。而这些大豆或大豆油加工品都不在被要求标识的目录之中。
其次，法规本身存在不够明确和完善之处，其实施势必出现缺陷。《农业转基因生物标识管理办法》规定了三种标识的标注方法，其中第三种针对用转基因农产品或含有转基因农产品成份的产品加工制成的产品，管理办法规定，如果这样的制成品中已不再含有或检测不出转基因成份，则可以标注为“本产品为转基因XX加工制成，但本产品中已不再含有转基因成份，”或标注为“本产品加工原料中含有转基因XX，但本产品中已不再含有转基因成份”。法规规定在两种情况下，一种制成品可以被标注为“不含转基因成份”，一是制成品中已经不再含有，二是制成品中检测不出转基因成份。就第一种情况而言，法规没有明确什么叫做不含转基因成份?根据国外的立法经验，一般是规定在产品中的转基因成份低于一定比例(例如1％)的，可以不标出，即可以被视为不含转基因成份，而我国的法规中没有这样的最低比例规定，似乎可以被理解为任何微小的含量都足以证明产品仍含有转基因成份，这至少涉及到加工原料中含有少量转基因产品的制成品，如饼干加工原料中含有极少量转基因大豆油，饼干是否可以被标注为“已不含转基因成份”?就第二种情况而言，立法者没有充分考虑到检测技术的进步。今天检测不出制成品中的转基因成份，不意味着随着检测技术的提高，将来仍然检测不出，只要制成品中含有转基因的成份，就存在将其检测出来的可能。那么是否意味着我们的标识制度将随检测技术的进步而覆盖越来越大的范围?另外，在检测技术和手段上，是否全国各检测机构都相同?如果不同，出现了A能检测出来而B检测不出来怎么办?
上述这些问题的存在，只要结合我国的国情思考一下就不难理解。我国与美国一样，是转基因技术比较发达的国家，当然美国掌握的转基因技术比我们多得多。美国出于其输出转基因技术和转基因产品的利益考虑，对转基因农产品的限制是很少的，而且有相当多的美国公司、科学家和机构认为转基因农产品是同传统农产品一样安全的。严格限制转基因农产品的贸易是不符合美国的利益的。与美国相反，欧盟一贯对转基因农产品持谨慎态度，特别是近年来，欧盟连续发生了数起食物污染事件，例如被二垩英污染的奶制品、疯牛病以及今年在德国出现的除草醚污染生态饲料殃及生态食品的事件，欧盟的消费者对食物安全提出了很高的要求，欧盟政府不得不严格管理转基因农产品的贸易。在某些欧盟国家，转基因标识被广泛用来严格区分转基因和非转基因的食品，甚至餐馆和零售食品摊也被要求用标牌标注其出售的食品是否为转基因食品或含转基因成份。而在我国，转基因农产品实际上已经大量存在，转基因农作物的种植面积也在增加，这些转基因农产品已经通过各种渠道进入消费者的消费范围，在这种情况下，对转基因农产品销售的严格管理可能对这个“新生事物”的成长并不利.
