同其邻国不同，南非逐渐对转基因产品采取肯定姿态。议会将很快批准加入管理转基因产品贸易的卡塔赫纳转基因安全协定（cartagenabio-safetypact）。
该协定要求出口商在装运转基因产品之前，需获得目的国的许可。美国拒绝加入该协定。
南非是世界上唯一生产转基因白玉米的国家。然而，有约97％的白玉米贸易为非转基因品种。在仓库中转基因与非转基因品种分开存放。普通品种比转基因品种更受欢迎，尤其是在与联合国世界粮食计划署的贸易中。
南非将调整1997年的转基因作物法案，以符合卡塔赫纳协议，并保证南非的国际贸易不会受到影响。
