美国政府5月13日宣布将正式要求世贸组织就欧盟禁止进口美国的转基因农产品问题作出裁决。美国贸易代表佐利克说，由于经过几个月的谈判未能使欧盟自愿解除这一禁令，美国才决定向世贸组织提出申诉，要求它裁决这一争端。
欧盟委员会随后发表声明，称欧盟处理转基因作物的方法是符合世贸组织规则的，并认为美国的决定“在法律上没有根据，在经济上没有理由，在政治上也毫无益处”。欧委会贸易委员拉米说，欧盟有关转基因作物的规定是“清楚的、透明的”，也符合世贸组织的非歧视原则，它并没有“冻结”转基因农产品的进口，而只是要求在这类产品上市前必须向有关当局提出申请，并符合有关健康、安全与环保的严格标准，欧盟实际上已批准18种转基因产品上市销售。
贸易争端在敏感时刻爆发。不久之后，八国集团首脑就要聚首法国，届时，美国总统布什和法国总统希拉克将举行伊战后的首次会晤。伊战分歧使法美关系降至冰点。美国正是在这个敏感时刻向欧盟发难的。因此，分析家认为，这不仅仅是简单的贸易争端。正是带头反对美国对伊开战的法国，1998年以转基因农产品在食用安全和环境安全等方面可能存在隐患为由，带头反对转基因农产品，带领欧盟决定暂停进口美国的转基因农产品。在疯牛病、二恶英和口蹄疫肆虐欧洲后，法国等国十分重视农业和食品安全。
如果美国打胜了这场贸易战，美国的转基因农产品就会堂而皇之地进入欧盟市场。对美国农场主来说，欧盟是潜在的有诱惑力的市场。近几年来，美国农业生产者和国会一直要求布什政府采取措施使欧盟取消这一禁令。
转基因作物在欧洲很少种植，而在美国，80％的大豆和35％的玉米的生产都采用了转基因技术。
贸易战也是在棘手时刻打响的。由于主要谈判方立场迥异且各不相让，今年3月25日至3月31日在日内瓦举行的世界贸易组织全球农业谈判———多哈回合未能如期就新一轮农业谈判的减让模式达成一致意见。具有较强农产品竞争力的美国试图利用新一轮谈判极力推动农产品贸易自由化，主张大幅削减国内支持，乃至取消出口补贴，降低关税并缩小成员间的关税差异。相对缺乏农业优势的欧盟和日本等则试图尽可能维持对农业的高度保护和支持，主张采用乌拉圭模式减让关税和削减国内支持，给予成员较大的灵活性；严格规范和削减出口信贷。
农业谈判是新一轮多边贸易谈判中最重要的谈判，农业谈判不能如期完成，将会影响服务贸易、贸易规则、反倾销以及非农产品关税等其他领域的新一轮多边贸易谈判。分析家进一步警告说，如果农业谈判彻底失败，不但将使继续开放市场、促进全球经济一体化的任务更加难以完成，而且将重新引发贸易争端、破坏多边贸易规则、加速贸易双边化和地区化，从而增加贸易成本，最终使世界分裂成对立的贸易集团。农业谈判要取得成功，美欧合作至关重要。由于美欧贸易量巨大，为了使农业谈判取得成功这个大局，为了不两败俱伤，双方有可能淡化转基因农产品问题上的分歧，而不会大动干戈。
