食品的有害作用包括急性中毒，如引起食物中毒；也包括慢性中毒，如致癌、致畸和致突变；还包括引起过敏、营养不良和感觉不良等。转基因食品安全性要求各环节必须符合食品卫生要求。
自然生物毒素有可能“转入”新物体内
生产一个转基因食品产品，所采用的生产原料很多，但对转基因食品的安全性产生特别影响的有两种：一种是接受基因的生物，另一种是提供基因的生物。
自然界中任何生物的存在与繁衍，都不是以作为人类食物为目的的。它们按照自身适应环境，利于生存的需要和规律生长和代谢。由食物生物本身产生的，或寄生在食物生物中的危害因素主要有三类：第一类为天然毒素。目前已知的植物毒素约有1000余种，例如生物碱、酶类、过敏物质、天然致癌物等；微生物毒素主要有细菌毒素、霉菌毒素和真菌毒素等。第二类为致敏成分。目前已知的常见的致敏食物有蛋、鱼、甲壳类、奶、花生、大豆、核果类和小麦等8种，其他不常见的致敏食物有160种。第三类为病原微生物。
基因改造过程中也可能“携毒”
基因操作包括基因改造、拼接和导入等程序。而对转基因食品安全性影响最大的是这些外来基因及其编码产物的安全性。
一方面，是外来基因本身的安全性。例如，外来基因有无毒性？外来基因会不会插入到食用者的基因组内？这些都是消费者经常问到的问题。其实，外来基因与食物中原有的基因的组成成分是一样的，消化途径和消化产物也无不同。任何基因进入了胃肠道后，很快分解为核苷酸单体，就像食物原有的基因一样。
另一方面，是外来基因编码产物的安全性。其中调控基因只负责调节和控制编码基因合成蛋白质的过程，一般不产生对安全性有影响的产物；而编码基因产物是直接影响安全性的重要因素。
除了上述以改变食品特性为目的的编码基因外，在基因工程中还常常导入一些抗生素抗性基因。
基因编码改变可使无毒物变有毒
在生物的培植过程中，编码基因本身可能会发生改变，有时会整个基因丢失，有时会丢失基因的一段，有时会丢失基因序列上的一个核苷酸，或有时会由另一个核苷酸取代了原来的核苷酸，等等。编码基因发生改变的后果就是编码产物的改变。这种改变经常导致整个产物性质的根本改变。可能使原本无毒无害的产物变成了有毒有害的物质。
外来的基因重组体导入生物体，对生物体原来基因组的某些基因的运作也会产生影响。可能会使原本沉默的基因活动起来，或使原本活动的基因沉默下去。这种现象经常导致产品中某些重要成分的出现或消失。
就是在外来基因和原来基因都正常的情况下，转基因生物还可能由于增加了新成分，特别是增加了某种数量较多的成分，而使产品中各种成分的比例发生了改变，导致整个食物营养价值下降。
加工环节同样能染毒
产品加工主要指转基因食品定型产品的加工过程，也包括在消费过程中的其他加工方式。适当的加工方法，可以消除或者减少原产品中的某些危害因素。例如，动物食品中的病原微生物可通过加热的方法消除，天然毒素可通过生化的方法降解，基因编码产物也可以在加工阶段从食品中除去。
以上四个方面的安全性，是影响转基因食品安全性的主要因素。同时，在种植、养殖、培植、加工和运输等环节中，也会受到来自环境、农药、化肥、食品添加剂等方面的污染。
