（1）饲料中蛋白质含量的影响：饲料中蛋白质含量是否会影响蛋白质的消化吸收率。由于在研究中随着蛋白质含量的变化，其他饲料成分也相应改变，因而消化吸收率的变化，是由于饲料成分的影响，还是由于蛋白质含量的影响，这给判断带来一定的困难。赤筑（1956）用酪蛋白+淀粉+盐类的混合饲料投喂稚鲤，观察到蛋白质含量在10%时消化吸收率低，而蛋白质含量在20-40%时，消化吸收率没有大的差别。他认为蛋白质含量低时，消化吸收率也低的原因，可能是受到内因性N成分的影响；他在另一研究中发现，蛋白质含量低时，表观消化吸收率也小，但如把内因性蛋白态N量以0.04毫克/克体重加以修正时，则与真消化吸收率大体一致，因而认为在低蛋白质含量所看到的表观消化率的降低，不是由于添加淀粉所成绩卓著起的，而是由于内因性蛋白态N所致。
麦康森研究对虾对氨基酸的消化吸收率，发现氨基酸的消化吸收率在一定程度上与其含量存在正相关的关系。
（2）水温的影响：王克行（1984）研究指出，在20-32℃水温范围内，仔虾的生长速度随着水温的上升而加快，水温对生长速度的影响是否通过提高消化吸收率来体现？谢宝华等（1983）报道，配合饵料在不同水温25℃和30℃条件下，其消化速度和蛋白质消化率均无明显不同。麦康森等（1988）用51 Cr2O3）作指标物质掺入小杂鱼、虾中进行实验，结果表明，在20-30℃范围内，消化吸收率在85.90-88.67%之间，可见水温并不明显影响蛋白质的消化吸收率。
（3）粉碎粒度的影响：用18目、40目、60目、80目、100目过筛的花生饼粉喂虾，测其消化吸收率。结果表明，用18目过筛的花生饼粉的蛋白质消化吸收率降至80%以下，这显然是颗粒太粗，消化液难以渗入所致；40目至100目过筛的花生饼粉，其蛋白质消化吸收率没有明显差异，基本在同一水平上。稻叶、获野用体重10克和100克的虹鳟研究了白色鱼粉的颗粒大小和消化率的关系，看到颗粒大，消化率差，颗粒越小，消化越好，如果太细了也就没有差别。
（4）不同干燥方法的影响：用60℃烘干、晒干和远红外烘干三种方法处理的花生饼粉喂虾，蛋白质消化率没有明显差异，在91%左右。60℃烘干者较烘干者略高；用100℃烘干者，其消化率降至88.9%。此外，还发现经过105℃烘干的花生饼粉，对虾厌食，这可能是经高温处理，使蛋白质变性，导致结构改变，不易消化所致。远红外烘干的花生饼，其氨基酸的消化率与60℃烘干者相比，苏氨酸和缬氨酸略有上升，其余氨基酸消化率差别不大。
长时间加热，会使蛋白质变性，产生不受消化酶作用的产物。这是因为加热处理使色氨酸、赖氨酸、苯丙氨酸、蛋氨酸和糖之间产生褐变反应，此褐变反应产物消化酶难以使之分解，故蛋白质的消化吸收率降低。
（5）消化时间的影响：蛋白质在消化道中被消化的程度取决于受消化酶作用的时间，也与消化酶的浓度、酶作用环境的酸碱度、温度等有关。酶作用时间不同时，其消化吸收率就会发生变动。从摄饵到排泄，所需的全部消化时间，因鱼、虾的种类而不同，当再次摄饵时，消化管内含物即急剧地移动，因而消化先吃饵料的时间就缩短，消化吸收率即会下降，因此投喂饲料的间隔时间应考虑到鱼、虾摄食后在消化管内的滞留时间。
（6）添加糖类的影响：在花生饼中加入10%的蔗糖喂虾，可引起蛋白质消化率的明显下降，尤以赖氨酸下降幅度最大。在花生饼粉中加入10%的葡萄糖，除丝氨酸和谷氨酸以外，其他13种氨基酸均有不同程度的下降，但除了缬氨酸下降幅度较大外，其他都不显著，以上是麦康森（1989）研究报道的。
在饲料中添加淀粉而导致蛋白质消化吸收率下降的程度，因鱼的种类而不同。赤筑（1955）用稚鲤把淀粉和蛋白质添加量作相反变动时，发现酪蛋白含量为40-20%，淀粉含量自50-70%时，其表观消化吸收率为97-95%，基本相同，但当酪蛋白含10%，而淀粉添加至80%时，其表观消化吸收率降为89%。
淡水鳗鱼，虽然是肉食性鱼类，但也能很好地利用淀粉。而海水肉食性鱼类鰤鱼的蛋白质消化吸收率，当增加淀粉时，消化率下降，鰤鱼是典型的蛋白酶活性强而淀粉酶活性极弱的肉食性鱼类。由于其淀粉酶活性极弱，不能很好地分解淀粉，使淀粉呈糊状残存于肠中，妨碍了蛋白质的消化。
（7）添加维生素的影响：维生素对消化和吸收具有重大影响，如缺乏B族维生素，如缺乏维生素A和C时，可导致消化不良。维生素B6作为辅酶参加多种代谢反应，在氨基酸代谢中起着重要作用，可促进氨基酸进入细胞的速率。在饲料中加入B6，可使蛋白质的消化率从91.9%提高到93.6%；使亮氨酸、异亮氨酸、苯丙氨酸、赖氨酸、组氨酸和精氨酸的消化吸收率有显著提高，在日本对虾的营养研究中也证明B6是一种必不可缺的维生素。
（8）添加纤维素的影响：在饵料中添加少量纤维素时，由于纤维素可使粪便成形，并刺激肠的蠕动而促进消化，但若添加纤维素过量时，则影响到蛋白质消化吸收率，使生长下降，并可引起粪便堵塞而死亡。不同的鱼对饲料中的纤维素和甲壳质类不消化物，其耐受量是不同的，鲤鱼等可耐受相当数量。饲料中纤维素含量大于4.5%，对虾的生长就会受到影响。
(9)添加胰蛋白酶的影响：用胰蛋白酶处理秘鲁鱼粉，其蛋白质的消化吸收率有明显提高，对于氨基酸，除缬氨酸变化不大外，其他各种氨基酸的吸收率都有不同程度的提高。在必需氨基酸中，苏氨酸、蛋氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、赖氨酸、精氨酸和组氨酸的提高是显著的。用胰蛋白酶处理花生饼，其蛋白质消化吸收率提高幅度更大，达95.5%，已接近鲜贝肉的消化吸收率。对于氨基酸，除蛋氨酸外，其他各种氨基酸的消化吸收率均有显著提高。特别是赖氨酸提高幅度更大，其绝对值达8.8%。苏氨酸、蛋氨酸原来吸收率较低，经胰蛋白酶处理后，吸收率都达到90%以上，可见以胰蛋白酶处理，是提高饵料利用率的良好途径。
（10）添加褐藻胶的影响：褐藻胶或海带（主要为褐藻胶成分）是对虾常用的粘合剂之一。加褐藻胶的花生饼和不加褐藻胶的相比，其蛋白质消化率没有差异，除赖氨酸、缬氨酸的消化率有一定程度的下降外，其他氨基酸均无明显差异。能势健嗣（1964）用5%的褐藻胶粘合的饲料喂虾，蛋白质消化率有较大幅度下降，其原因可能与用量过大或与使用氯化钙处理有关。
（11）添加游离氨基酸的影响：麦德森（1987）实验指出，饲料中的游离氨基酸在进入职肠以前，绝大部分已被中肠腺吸收。添加游离氨基酸后，蛋白质中的苏氨酸、甘氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、苯丙氨酸和赖氨酸在中肠腺的消化吸收率有明显的下降。游离氨基酸不仅与结合态氨基酸不能同步吸收，而且严重影响其他必需氨基酸吸收的同步化，使氨基酸得不到平衡、互补，从而影响游离氨基酸的结合率以至整个饮料的蛋白质效率，这就是在配合饲料中直接添加游离氨基酸饲料效果不理想的原因。实验结果又表明，连续投饵组的游离赖氨酸的利用率比一次投饵组高。因为连续投饵为赖氨酸提供了和别的氨基酸同步吸收的机会，从而实现氨基酸的平衡平补作用，可见适当增加投饵次数有助于提高游离氨基酸的结合率。
