在对原料样品的检测中，一般有定性检测和定量检测。在定性检测中，使用的比较多的为显微镜检，包括直接镜检、分层镜检（用四氯化碳或三氯甲烷分层）、反应剂镜检（用化学物质和样品中的某些物质反应而在显微下区分）、染色镜检等。在使用的过程中，往往使用一项或多项镜检方法对样品中的物质进行判定。
对于非蛋白氮的检验，显微镜检是一种比较有效的方法。在对样品的检测中，一般使用的是生物显微镜，其放大的倍数在36～400倍之间，为了获得更好的显微效果，可以根据实际情况作出具体的调整。以下是镜检使用过程中的一些技巧：
一、直接镜检
直接镜检一般所用的倍数比较小，通过对样品不同的物理特征，如颜色、透明度、表面组织、形状等物理性状进行判定。特别的要与典型的样品进行比较，以便能够更好区分样品与杂质的不同。在直接镜检中，用不同的滤光片有时可以起到比较明显的效果。虽然直接镜检比较方便和直观，但有时对于样品中的物质很难区分时，可以用其它的检验方法。
二、分层镜检
将样品用四氯化碳进行脱脂和比重分离之后，样品与其它物质的区分会更加容易。对样品中的有机物和无机物分层之后，需在常温下干燥后再进行镜检。非蛋白氮一类的物质与原料的很多外观性质很不一样，通过两者的特异性之间的观察，可以对样品中是否掺有非蛋白氮一类的物质作出一个大概的判断。
三、反应剂镜检
用反应剂和样品进行反应，非蛋白氮一类的物质的化学性质和样品不一样，通过此种方法可以对样品中的非蛋白氮进行鉴别。经过四氯化碳分层之后，再与反应剂反应是比较好的一种方法。而镜检时在样品中加一滴或数滴浓硫酸，观察样品与浓硫酸反应的情况是一种比较直观的鉴别方法。因为无论动物蛋白还是植物蛋白，其与浓硫酸的反应速度和产生的现象比较明显。
四、染色镜检
用染色剂对样品进行染色，使样品中的植物或动物细胞染成不同的颜色，而非蛋白氮一类的物质则和样品的染色后的表现不同，通过此种方法使两者区分开来从而加以鉴别。以下是比较常用的染色方法：
1、对植物细胞的染色方法：番红——固绿染色法。取适量脱胎（视样品脂肪多少而定，可以用四氯化碳，也可以用丙酮，对于脂肪少的也可以不用脱脂）样品于烧杯中，用1％的番红水溶液浸泡l～3h水洗（去多余的染料）。将样品涂在玻片上，稍晾干。滴加 0.1％的固绿（溶剂用95％乙醇）。过15秒后滴加95％的乙醇，冲去多余固绿染料。待乙醇稍挥发后，加甘油液（甘油∶水＝1∶1）浸润，加盖玻片。用生物显微镜检查。染色结果：细胞核，木质化细胞壁呈鲜红色，纤维素细胞壁、细胞质呈绿色。因为非蛋白氮没有细胞核、细胞质等结构，所以只要能够较好的掌握染色技巧，其对比效果比较明显。当然，不能从染色效果判断其一定为非蛋白氮。
2、对动物细胞的染色方法：苏木精——曙红对染法。取适量的脱脂样品于烧杯中，加入埃利希苏木精染色液浸泡3～5min，水洗数次（用5min左右）。将样品涂在玻片上，滴加氨水。3～4秒后立即满加水，洗1 min，稍晾一下，加 0.2％曙红水溶液浸润3 min，滴加95％的乙醇，洗去多余曙红染料。再稍晾一下，加甘油浸润，加盖玻片，用生物显微镜观察。其染色的结果为：细胞核呈蓝色，细胞质呈淡红色。通过此种方法染色，一般能够很容易的区分样品和非蛋白氮一类的物质。
为了能够更清晰的在显微镜下区分样品与杂质，也可采用以下方法（对于检验鱼粉一类的物质比较有效）：先用四氯化碳或三氯甲烷对样品分层，除去无机物，必要时再用丙酮进行脱脂，再取一定量的样品置入蒸馏水中，搅拌，除去溶于水的物质，再用60目或80目的样品筛过滤，将样品放入50～60℃的烘箱中进行烘干（时间不能过长，以保持样品原来的状态），然后在显微镜下进行检验或再对其进行处理后镜检。
在显微镜检中，只能对非蛋白氮作初步判断。若要进一步的分析判断，还需进行定量分析检验。
