一、原料的粉碎细度不同 畜禽饲料原料要求全部通过８目，１６目筛上物不得超过２０％；而水产饲料原料则要求全部通过４０目，６０目筛上物不得超过１０％。
二、水中的稳定性不同 畜禽生活在陆地上，其配合饲料对水稳定性无要求。水生动物生活在水中，水产饲料应能在水中维持一段时间不溃散。
三、饲料的形状不同 畜禽饲料一般为粉状，有时为了节约饲料而制成颗粒状，但并非必须。鱼类的摄食方式为吞食，虾、蟹的摄食方式为抱食，因此，水产饲料必须制成颗粒状（鳗鱼饲料、甲鱼饲料为粉状）。
四、对饲料营养成分组成的要求不同水生动物为变温动物，不需要消耗能量来维持体温；水生动物生活在水中，由于水的浮力，只需要很少能量就能维持鱼类在水层中的合适位置。水生动物所需能量为畜禽的５０％～７０％，这就使得水生动物在物质代谢和能量代谢方面和畜禽存在着差异，对饲料的利用效率也显著不同。水生动物在配合饲料中需要更多的蛋白质，其蛋白质需要量为畜禽的２～４倍。水生动物不像畜禽那样能很好地利用饲料中的游离氨基酸。
鱼类对羟基氨基酸的利用率只有Ｌ－蛋氨酸利用率的２０％，而畜禽对羟基氨基酸的利用率可达８０％。畜禽需要的必需脂肪酸主要是ｎ－６系列的脂肪酸，如亚油酸、花生四烯酸。水生动物则需要ｎ－３系列的不饱和脂肪酸，如亚麻酸、二十碳五烯酸、二十二碳六烯酸。水生动物需要的１５种维生素与畜禽需要的维生素相同，但各种维生素的重要性和需求量却不同。水生动物肠道的细菌种类数量较少，肠道微生物合成的维生素相对也少。畜禽肠道中合成的维生素Ｃ，一般能满足它们的正常生理需要。水生动物肠道中合成维生素Ｃ的数量很少或不能合成，为了保证其正常生长，必须在饲料中添加维生素Ｃ。
水生动物饲料中蛋白质、脂肪含量较高，对维生素Ｂ６、烟酰胺、维生素Ｅ的需求量较畜禽要多。水生动物能有效地从水中吸收钙元素，对维生素Ｄ的需求不如畜禽敏感。水生动物和畜禽在矿物质代谢方面的最大区别在于水生动物能从水中吸收一部分无机盐，水产饲料中无机盐的种类和数量与畜禽饲料中无机盐的种类和数量有较大的差别。
水生动物能有效地利用水中的钙元素，在饲料中无需再加钙盐或仅在某些特种水产饲料中添加少量的钙盐；而畜禽生长所需的钙元素完全来自饲料，必须在饲料中添加足够的钙盐。
