世上没有十全十美的事物，苜蓿也不例外。苜蓿有不少缺陷，对发展种草养畜有一定影响，但只要有针对性地采取补救措施，“牧草之王”仍非苜蓿莫属。现将苜蓿的几种缺陷及其补救措施简介如下：
1、不耐高温 苜蓿耐寒力强，冬季-30℃可安全度过；有雪覆盖时，-40℃也可耐过。但耐热力很差，夏季气温超过35℃时，即出现生长停滞现象，对产草量有一定影响。
补救措施 (1)当地全年气温35℃以上的天数不多的，可在高温天气时进行冷水喷灌或冷水灌溉，以降低气温和地温。(2)当地全年气温35℃以上的天数很多的，不宜种植一般苜蓿，应选择耐热力较强的“淮阴苜蓿”种植。
2、不耐涝洼湿地 苜蓿根系发达，入土较深，能吸收土壤深层水分，所以抗旱能力较强。但怕湿地及水淹，连续积水1-2天即出现大批死亡现象。
补救措施 (1)选择排水良好的土地种植苜蓿；连续降雨时，及时排水防涝。(2)改造涝洼湿地，使其适于种植苜蓿。(3)苜蓿育种工作者积极研究培育耐涝洼湿地的苜蓿新品种。
3、耐盐碱品种少 苜蓿品种很多，2001年底由全国牧草品种审定委员会审定登记的苜蓿品种共计36个。其中绝大多数品种喜中性或微碱性土壤，适宜的土壤PH值为7-8，不适于盐碱地种植。
补救措施 (1)盐碱地要选择耐高盐碱苜蓿品种种植。目前，中国农业科学院畜牧研究所选育的“中苜1号”苜蓿，是最佳耐盐碱苜蓿，在土壤含盐量0.21%-0.74%的高盐碱地区生长良好。(2)改造盐碱地，使其适于种植非耐盐碱苜蓿。(3)继续发掘和培育耐高盐碱苜蓿新品种。
4、具有秋眠特性 据李霞报道，秋眠是某些品种苜蓿的生物学特性之一，主要表现为秋季刈割后再生缓慢，近于停滞。苜蓿秋眠分为9级，1-6级为秋眠基因型，7-9级为非秋眠基因型，我国的苜蓿属于1-6级。
补救措施 (1)给予苜蓿充足的秋眠时间，否则其抗寒性能降低。(2)适时播种：秋眠品种在6月中旬至7月底播种；半秋眠品种在4月中旬至5月中旬播种。(3)注意引种：寒冷地区不要引种非秋眠品种；北方光照不足而温度适宜的地区，可引种秋眠性较弱的品种。
5、尿素有破坏作用 苜蓿可从两方面对尿素产生破坏作用：(1)苜蓿含尿素酶：尿素酶在瘤胃中与尿素相遇，使尿素分解而释放氨，大量氨被牛、羊吸收发生氨中毒；另外，大量氨可抑制有益微生物的繁殖，使其不能大量提供菌体蛋白。(2)苜蓿含蛋白质较高：饲料中蛋白质含量在11%以下的，尿素利用率高；超过12%时，尿素利用率低，反而降低增重。苜蓿干粉含粗蛋白质16.7%，远远高于12%。
补救措施 (1)给牛、羊添加尿素时，应停止饲喂苜蓿青草或干草。(2)以苜蓿为主要饲料的地区，不要用尿素作饲料添加剂。
6、含有雌性激素 据吴建华等报道，鲜苜蓿含有雌性激素“香豆雌醇”，可使处于繁殖年龄段的母牛、母羊发生繁殖功能紊乱。
补救措施 处于繁殖年龄段的母牛、母羊，在春季繁殖季节，禁止喂给新鲜苜蓿，但可喂给苜蓿干草。
7、可引起牛奶产生不良气味 奶牛采食鲜苜蓿后，苜蓿的固有气味可移行到奶汁中使奶汁带有异味。
补救措施 (1)泌乳奶牛不要在挤奶前1-2小时饲喂苜蓿，要在挤奶后饲喂。(2)泌乳奶牛不喂鲜苜蓿，可喂苜蓿干草。
8、可引起家畜“感光过敏症” 鲜苜蓿中含有光敏物质“叶红质”，家畜采食苜蓿后，叶红质被吸收，循行至皮肤受日光作用，即引起皮肤炎症，奇痒难耐；另外，还引起肝脏解毒功能降低及中枢神经紊乱，主要发生于白皮肤的家畜。
补救措施 (1)治疗：患畜立即停止采食鲜苜蓿，移至日光照射不到的地方。患部涂擦碘酊；肌肉注射盐酸苯海拉明注射液，成年猪羊每次3毫升(含药0.06克)。(2)预防：主要对白皮肤家畜采取预防措施，白天禁止放牧鲜苜蓿；舍饲者白天喂鲜苜蓿后关于舍内，勿使出外受日光照射。
9、可引起家畜“臌胀病” 开花前的苜蓿含有皂角素，牛、羊采食过多可发生急性瘤胃臌胀，危害健康，降低生产性能；严重者，抢救不及时可引起死亡。
补救措施 (1)预防：①开花前的苜蓿对牛、羊必须限量饲喂，成年牛每次不超过10千克，成年羊不超过5千克。②与等量的禾本科牧草(如苏月草、御谷等)混合饲喂。山西省晋南地区的养牛户，用等量的麦秸与苜蓿混合碾压，称为麦秸碾青，饲喂肉牛，既预防了臌胀病，又提高了育肥效果。(2)治疗：①瘤胃穿刺放气：放气后经放气针注入松节油30毫升(牛)，以防腐止酵。②胃管放气：放气后经胃管投入20%鱼石脂酒精溶液150毫升(牛)，以防腐止酵。③消胀后，3日内进行半饥饿饲养，饮水不限。
10、叶片、茎枝干燥不同步 苜蓿叶片营养成分比茎枝高，所以收割苜蓿制作干草时，使苜蓿全株完整干燥，叶片不脱落，乃是生产优质苜蓿干草的关键。但苜蓿叶片与茎枝，因形状不同含水量不同而干燥不同步，以致降低苜蓿干草的商品价值和冬储价值。
补救措施 废除苜蓿的传统收割方式，改用“割草压扁机”收割，此机械可以一边收割一边压扁茎枝，使叶片与茎枝同步干燥、快速干燥、植株完整，营养全面，因而提高了苜蓿干草的商品价值和冬储价值。“割草压扁机”原来需用进口产品，现在新疆已有生产。
