1.配方过于庞大，难以维持质量稳定以及确定药效的物质基础
目前，在国内，天然植物主要是以中草药饲料添加剂的组分应用于畜禽生产。中草药饲料添加剂的设计，以中兽医理论为指导，注重整体和辨证施治，大多选用十几种或几十种，甚至上百种天然植物做组分，通过综合调节动物的生理机能，发挥防病和促生长的作用。但组分过多的复方，难以维持药效的稳定性，增加了鉴定、提取、分离活性成分的难度。使用效果不稳定，缺乏产品质量标准及检测方法，无法确定药效的物质基础是制约天然植物在畜牧生产中应用的主要因素。过分相信古代秘方和民间验方，仍然以传统的中医理论指导产品研发，缺少运用现代国际社会普遍认可的手段，研究和创新中医药，并以现代的科学知识阐述传统的中医药理论，这是国内以天然植物为主的中草药饲料添加剂难以进入
国际市场的根本原因。
2.加工工艺落后，产品多为粗制品
目前，作为饲料添加剂的天然植物，大多是经过简单粉碎后直接应用的散剂。这些粗制品用量大，在全价料中的添加量大多在0.5%以上，有些达5%，甚至10%。添加量过大，降低了日粮的营养浓质，影响饲料产品的外观特性及适口陛。此外，天然植物的有效成分受产地、采集时间及加工方法的影响，因而通过简单加工制成的粗制品，难以进行准确的药效评定和有效的质量控制。使用效果不稳定，制约了植物饲料添加剂在规模化畜禽生产中的推广。
3.资源及经济可行性问题
目前，开发的中草药饲料添加剂大多是选用传统的天然植物药为主要原料，这些天然植物已广泛应用人和畜禽的疾病治疗。如果在生产中大量使用，势必出现人畜争药的局面，造成药源紧张和成本上升。加之，现在常用的一些天然植物，如黄茂、当归、党参、红花等价格较高，造成添加剂成本过高。成本效益比是影响植物饲料添加剂应用的关键所在。
4.作用机理和安全性研究还有待深入 大多数学者仍沿用传统的中医药理论，研究植物饲料添加剂的作用机理，不能阐明其作用的确切机制。缺少采用现代科技手段，以传统中医药理论为先导，以营养学和饲料学理论及技术为依托，分析提取天然植物的有效成份，从体内营养物质代谢，激素分泌、基因表达等方面深入探讨其作用机理，尤其是从分子水平的研究至今未见报道。
长期以来，天然植物被认为无残留、无毒副作用及不产生抗药性。然而，这大多是根据前人的医疗实践经验推断而来，目前还缺乏系统、完整的天然植物毒理学研究资料。
