药物残留是育肥猪生产中一项十分难以解决的问题。我国近几年育肥猪出口受阻，其根本原因是药物残留不符合进口国标准。随着市场的不断规范，造成一部分养猪场、养猪户上市肉受阻，经济损失相当严重。这里的“药物残留”泛指兽药（抗生素、磺胺类药物、喹乙醇、驱虫药、饲料添加剂等）、农药（杀虫剂、灭鼠剂等）以及其他的化学物质，随着饲料、饮水进入猪体，或从空气中被猪吸入，造成猪肉里的残留。必须采用良好的饲养管理规范，从生产中的各个方面来控制药物残留的发生。
1 必须周密慎重选定饲养场地与建筑
检查场地土壤中有害物质。育肥猪饲养场地往往选用农田或塑料大棚，应了解以往当地施用农药、化肥及兽药的有关情况，并采集土壤样品进行检测。土壤中有害物质不但对地面上养的育肥猪有直接影响，而且对养猪场的水流也会造成污染。
选择地势较高、干燥、通风、排水良好的建筑位置。猪场位置应避免在低洼湿和山坳凹处建筑，如选择坡地，其坡度以不超过20%为宜，否则将造成管理不便或增加投资。排污水沟应低于道路，并尽量做到防漏处理，从而能有效地控制流水渗漏造成二次污染。
猪场选择不仅要在整个村庄的上风头，并与村庄主干道路保持1 000米距离，同时要考虑周围地块为庄稼、蔬菜等喷药时，对育肥猪的影响。这些化学合成物质会通过空气或地面污染舍内育肥猪，并对猪群健康造成危害。
猪场猪舍建筑材料的选择应谨慎，不能使用工业废弃材料，特别是化工、药厂等废弃材料。人工合成板材往往含有有害的化学物质，而成为猪场的污染源。
2 饲料
制定饲料原料质量标准，严格按标准采购优质原料。各种不同类别的种猪、乳猪、小猪、中猪、大猪的饲料，应喂相应类别的猪，不得混乱使用。加药饲料和非加药饲料不可混放，育肥猪生产末期的饲料中不应含药物。末期料至少要在出栏前10天使用，更换末期饲料时要先彻底清除非末期饲料，并清洗料桶、食槽等及其他有关设备。
防止饲料受潮霉变，饲养场和饲养户存放饲料时应格外小心。贮藏时要选择干燥通风的场所，并经常检查，不允许将饲料、药品与消毒药、灭鼠药、灭蝇药或其他化学药物堆放在一起。贮存饲料场所尽量要卫生干净，不要有苍蝇、老鼠等。霉变的饲料饲喂育肥猪可引起育肥猪疾病并导致有害毒素残留，因此对霉变的饲料要及时处理，严禁使用。
饲料场和饲养户选择塑料制品作料桶、食槽，须无毒无害无药残。猪舍内采食槽不留隔夜料，应经常清扫料糟，防止饲料在料槽中霉变。
3 饮水
育肥猪的饮用水不仅要检测微生物含量，还要检测有害物质的含量，许多的饲养猪场和饲养户几乎做不到这一点。细菌含量超标的水源尚可通过消毒措施挽救，而有害物超标的水源只能废弃。
塑料饮水器须无毒、无害、无药残。否则，某些可溶性化学毒物微量溶于水，也可引起育肥猪慢性中毒或出现药残。
4 严格用药管理
要根据育肥猪健康状况和抗体检测制定合理的免疫程序，从而控制各种疾病的发生，减少用药量。
对选用的一切药品，必须对其的药性和休药期有一个正确的认识。有条件的可进行药残分析，绝不允许含有进口国规定的和国内上市标准的药品，如盐酸克伦特罗（瘦肉精）、类固醇激素（己烯雌酚）、镇静剂（氯丙嗪）等，及使用高铜、高铁、高锌、高钴、有机砷、喹乙醇等。
严格按休药期用药，使用目前允许使用的抗寄生虫和抗菌类药。
消毒药在育肥猪中是常用的，和其他药品使用一样，选择时不仅要考虑其有效性，也必须检测其药残含量。
