一、转基因科技达到国际先进水平，在发展中国家处于领先地位
1.植物重要功能基因克隆取得重要进展，掌握了转基因植物研究与产业化发展的主动权。统计显示专项实施7年来，已自主克隆重要功能基因418个。其中，抗虫相关基因46个、抗病相关基因57个、抗非生物逆境基因162个、生长发育相关基因78个、品质与高产相关基因71个、抗除草剂基因4个。共申请专利295项，其中公开52项，进入实审22项，授权9项。在这些基因中，已有转化植株并将对植物优质、高产、抗逆及生长发育调控等具有重要应用前景的功能基因46个。其中水稻分蘖基因MOC1的研究成果发表在《Nature》杂志上，耐低钾胁迫相关基因克隆方面的研究成果发表在《Cell》杂志上，在国际上产生了重要的影响。
2．转基因技术创新取得了一批标志性成果，奠定了转基因产业化发展的技术基础。专项在基因高效转化、选择标记基因删除技术、目的基因产物定时降解技术、大豆叶绿体转化技术、植物组织特异性优势表达技术等转基因技术方面取得了一批重要成果，共申请国家发明专利96项，其中公开16项，进入实审14项，授权8项。特别是在多基因转化技术方面的研究成果达到国际领先水平，相关研究成果发表在《PNAS》等国际著名杂志上；“棉花规模化转基因技术”优化了棉花转基因技术体系，大大提高了转化效率，获得2006年国家科技进步二等奖。这批成果大大提升了我国转基因技术水平和国际影响力。
二、转基因抗虫棉产业化取得巨大的经济效益，初步具备主要作物的转基因产业化能力
1.转基因抗虫棉产业化创经济效益150亿元以上，并为农民增收、棉纺工业发展和生态环境改善作出重大贡献。在专项的支持下，培育了转基因抗虫棉新品种55个。截至2005年，国产抗虫棉占我国抗虫棉市场份额由1998年的5％增长到70%，已累计推广1亿多亩，其中黄淮海和长江流域两大棉区已基本实现转基因抗虫棉的推广种植，直接为棉农带来收益150亿元。抗虫棉的推广应用，提高了优质棉花生产率，为促进我国棉纺织品出口、减少优质原棉进口而带来间接经济效益200多亿元。同时，使棉农因防治棉铃虫而导致的中毒事件降低了70%—80%，每年减少化学农药用量2000—3000万公斤，相当于我国化学杀虫剂年生产总量的7.5%左右。
2.获得了一批优质、高抗的转基因作物育种新材料，为转基因植物产业化提供了充分的品种储备。创制了优质、抗病、抗虫、抗旱、耐盐、抗除草剂转基因植物新品种、新品系和新材料20925份，共有473份新品系和新材料获准进行生物安全性评价，其中商业化生产58例，环境释放114例，中间试验199例，生产性试验102例。转基因741杨通过了商品化生产审批，已推广4000余亩，并获2004年度国家发明二等奖。专项不仅为我国转基因植物研究和产业化的发展奠定了良好的基础，而且为我国农作物品种更新换代、农业结构调整以及国家生态环境建设提供了充足的品种储备。
三、转基因植物研发能力建设取得突出成效
1.完成了两个国家植物基因研究中心、两个国家转基因植物中试与产业化基地的建设任务。专项分别在北京、武汉建成了国家植物基因研究中心，在吉林建成了国家玉米、大豆转基因中试与产业化基地，在河南建成了国家棉花转基因中试与产业化基地。2个中心和2个基地的仪器设备和实验条件达到了国际一流水平，运行良好，已成为我国转基因植物研究与产业化的排头兵，为提升我国转基因植物研究和产业化水平发挥了重要作用。在专项支持下，我国转基因研究和产业化优势单位装备水平已得到显著改善，并为国家“转基因生物新品种培育”重大专项的实施奠定了较好的设备条件。
2.培养了一批转基因植物研究及产业化的主力军，为我国今后转基因研发提供了充足的人才战略储备。专项实施以来，吸引了一批国外的优秀人才回国工作，培养高级人才980人、研究生2476人，形成了一支具有国际竞争力的转基因植物研发队伍。同时，通过专项的实施，一大批从事转基因研究的中青年科学家崭露头角，为我国在未来转基因研发和产业化的全球竞争中提高了充足的人才战略储备。
