有关研究表明，转基因抗虫性水稻可减少农药使用量八成，从而大大减少农药尤其是剧毒农药对人体和土地及环境的伤害。此外，转基因抗虫性水稻的亩产量也比常规水稻高约6%。“两害相权取其轻”，卢宝荣说，农药对环境的污染已是有目共睹，目前转基因作物的危害还不是特别明显，科学家要做的工作，就是把转基因水稻可能对环境和人体造成的危害降到最低，这些工作包括对转基因水稻的食品安全、环境安全、生物多样性安全等进行评估、监测和管理。
目前，对转基因水稻安全性最大的质疑就是，转基因水稻如果大面积种植，一些基因可能通过与其野生亲缘种间发生逃逸，发生基因污染。对此，卢宝荣透露，我国对转基因作物的生物安全问题非常重视，投入了大量的资金和研究力量，进行转基因水稻的环境释放与生态风险的研究。“863”和“973”计划都有专门立项，组织科学家进行联合攻关。作为复旦大学生态与进化生物学系主任，卢宝荣的研究小组也开展了“水稻转基因逃逸及其生态风险”的相关研究。研究表明，如果种植距离较近，外源转基因逃逸就可能会发生。专家介绍，在最近的一次普查中，在上海市浦口永宁镇发现了杂草稻，这种杂草稻与水稻长相相近，如果和含有抗除草剂基因的转基因水稻种植在一起，抗除草剂基因可能会“逃逸”到杂草稻中，形成抗除草剂的超级杂草，这些都是必须预防的风险。
研究同样表明，转基因水稻的转基因“逃逸”并非不能控制，转基因“逃逸”主要通过花粉流来实现。因此，设立至少10米以上的空间隔离距离，或利用其他高秆作物设立隔离带，便能有效避免。不过，专家强调，尽管可以较好地规避转基因“逃逸”的风险，但仍有许多科学问题需要深入研究。例如，抗虫转基因对害虫天敌的作用，转基因植株对土壤和微生物的影响，携带转基因的其他个体或种群将导致怎样的生态后果，带来什么样的风险，等等，只有当这些问题都解决后，转基因水稻才有望走上人们的餐桌。
