正因为蛋白质对鱼类的生存和生长有着举足轻重的作用，养殖者高度关注饲料的蛋白质含量就理所当然了。不少养殖者户甚至将蛋白质含量当成了评价水产饲料质量的惟一指标，其实这种看法是不全面、不科学的。
蛋白质按原料来源可以分为动物性蛋白和植物性蛋白两大类，其中鱼粉、肉骨粉以及血粉等含有丰富的动物性蛋白，由于这些蛋白所含的氨基酸与鱼生长所需的氨基酸相似，所以这种蛋白不单纯吸收率高，而且还有吸收快，对水质污染程度低等优点，因此优质的水产饲料的蛋白应以这种动物性蛋白为主。而棉籽粕、苜蓿粉、菜籽粕等以含有植物性蛋白为主，用这种原料为主生产出的水产饲料鱼类对其吸收率低，吸收慢，对水质污染较严重，容易引起鱼体发病。
从本质上来讲，鱼类对蛋白质的吸收利用就是对必需氨基酸的利用，这是因为蛋白质是由氨基酸构成的。植物性蛋白所含的鱼类必需氨基酸较少，这是水产饲料偏重动物蛋白的根本原因。只要克服这一障碍，水产饲料才能超越对动物蛋白的依赖。
