一是食品安全标
准问题。近几年一些进口国标准层出不穷，越来越严，利用绿色措施控制进口成为一种潮流。由于质量安全标准的不同，常常在出口国和进口国之间引起不必要的消费恐慌和市场波动，造成养殖生产者的重大损失。
二是反倾销措施的施用问题。WTO《倾销与反倾销措施协议》被越来越多的人认为已经成为一些WTO成员保护其本国市场和生产的手段。不顾各国在经济发展模式、管理体制、劳动力成本等方面的差异，主观认定倾销幅度，随意加征惩罚性关税的现象时有发生，由此引起贸易纠纷和摩擦增多。
三是市场准入机会问题。尽管发达国家进口关税总体水平很低，但关税高峰和关税升级问题依然存在，不同程度地制约着发展中国家进一步发展加工业、提升产业素质、提高现代化水平。同时，一些国家依然设置市场准入配额或关税配额，限制水产品的正常贸易。
四是养殖业自身发展问题。如，可养水域资源利用不科学，盲目追求扩大规模、提高单产，养殖病害增多，产品质量安全受到威胁。分散式的传统养殖方式，制约着规模化生产和标准化养殖的推广。一些水域污染加重，环境质量下降。
