一、现行农产品加工业的税收政策分析
目前，我国并没有专门制定针对农产品加工业的税收政策，而是主要通过国家有关部门制定的一些优惠政策来体现的。主要有2000年10月农业部等八部委制定的《关于扶持农业产业化重点龙头企业的意见》，2002年11月国务院办公厅印发的《关于促进农产品加工业发展的意见》，2003年11月国务院发布的《关于改革现行出口退税机制的决定》，2004年与2005年中央1号文件中规定的农产品加工业政策等。这些税收优惠政策的实施在一定程度上减轻了农产品加工企业的税收负担，促进了农产品加工业的发展壮大；但同时也存在着税收政策运行中的不足，具体反映在以下几个方面：
一是农产品范围与标准界定不清，进项税额难抵扣。按照税法规定，农产品加工企业销售外购农产品以及外购农产品简单加工后形成的初级农产品再销售的，按13%的税率计征增值税；实行由农产品加工企业自行开具农产品收购发票，或者以从小规模纳税人购进农产品时取得对方开具的普通发票，并按收购发票票面金额的13%计提增值税进项税额。但现行《农业产品征税范围注释》（财税字[1995]52号）对农产品的解释为种植业、养殖业、林业、牧业、水产业生产的各种植物、动物的初级产品。实际上，这个初级产品还包括部分以农产品为原料经简单加工而成的农产品初级加工品或附产品。一方面由于农产品注释范围界定不清，造成农产品加工企业外购免税农产品不能享受进项税额抵扣或操作不便；另一方面农产品简单加工与精、深加工无明确区分标准，在实际工作中很难把握农产品简单加工后的产品类别归属，这也很容易造成增值税进项税额抵扣执行政策的不一致。
二是农产品深加土企业税负偏高，不利于农产品加工企业的发展壮大。按照税收政策规定，农产品加工企业加工的产成品，如果不是《农业产品征税范围注释》的产品，则视为工业品按17%计提销项税额，如棉花加工成棉纱，黄豆加工成豆酱或酱油。由于这些产品的加工原材料属子适用13%税率的农产品，由此造成深加工产品税率与原材料进项抵扣率之间的差异。表面上看来，从事农产品深加工的企业享受了初级农产品的抵扣优惠，但实际上却由于“高征低扣”成企业的增值税税负高于其他企业，显然不利于农产品深加工企业的生存与发展。目前我国农产品加工的一个主要发展方向是深化农产品的加工程度，提高农产品附加值，因此政府需要采用一定手段降低企业的增值税税负，以促进农产品深加工企业的发展壮大。
三是农产品加工出口的退税率偏低，不利于我国农产品加工企业的国际化发展进程。目前我国农产品出口退税执行的是5%或13%的退税率，不仅低于一般发达国家水平，而且比国内其他出口行业平均15%的出口退税率也要低；同时，由于农产品加工中所含的大量固定资产进项税额不能抵扣，税法规定的可抵扣进项税额的农产品范围过窄等因素，客观上造成了出口农产品实际承担税款，降低了农产品在国际市场中的竞争力；出口退税资格审批及程序的复杂性，也严重影响了企业的生产经营效率和产品出口的积极性，不利于我国农产品加工企业的国际化进程。
四是农产品加工企业所得税优惠力度不够，且严重倾向于重点龙头企业。我国税法规定，国有农口企事业单位从事种植业、养殖业和农林产品初加工业的所得暂免征收企业所得税；对国务院认定的农业产业化重点龙头企业从事种植业、养殖业和农林产品初加工暂免征企业所得税；农产品加工企业研究开发新技术、新产品、新工艺所发生的各项费用在缴纳企业所得税前扣除；投资于符合国家产业政策的技术改造项目的农产品加工企业，其项目所需国产设备投资的40%，可从企业技术改造项目设备购置当年比前一年新增的企业所得税中抵免；对经批准的重点农业产业化龙头企业实行优惠政策，从 2005年起新建年销售收入5000万元以上的农产品加工龙头企业，经税务机关批准，暂免征企业所得税等。可见，尽管我国对于农业企业实行了一定的税收减免优惠，但相比较国外而言，利用税收政策发展农产品加工业的力度还很不够；同时，限于享受优惠政策的主体资格，相当一部分农产品加工企业享受不到切实的税收优惠，相对来说企业所得税税负不轻。
二、促进农产品加工业发展的税收政策建议
农业投资风险相对较大，资金回收期长，产品储运和销售的要求也较高。对此，应充分运用税收杠杆，发挥其应有的宏观调控作用。针对目前我国农产品加工业税收政策中存在的问题，建议加快农产品加工业的增值税改革，扩大企业所得税、营业税的税收优惠力度，从而有效促进农产品加工业的发展。
1、加快农产品加工业的增值税改革。一是扩大和统一农产品征税注释范围，参照WTO《农产品协议》适用农产品范围的注释方法，制订新的《农业产品征税范围注释》，适当增加农产品的注释品种，最大限度地将以农产品为原料的加工产品列入农产品征税范围，按 13%的税率征税并允许按13%计提进项抵扣，以减轻农产品加工企业的税收负担。二是适当降低农产品加工业的增值税税率，建议对从事农产品加工的一般纳税人企业，不论所有制形式、不论规模大小、不论加工程度深浅，其增值税销项税率均降为13%.这样可以解决增值税在农产品收购方面“高征低扣”的问题，降低农产品的经营、生产加工行业的实际税负，有效促进农业产业化的发展。三是对农产品加工业实行增值税“转型”试点，取消生产型增值税改为消费型增值税，对农产品规模经营大、精深加工程度高、加工生产高新技术产品以及出口产品等企业实行一次性抵扣固定资产进项税额，而对其它农产品加工企业实行分期抵扣固定资产进项税额的办法，鼓励企业增加固定资产的投资，以提升农产品科技含量和产品品质，促进我国农产品加工业的发展。四是实行增值税即征即退、出口零税率政策，对农产品加工企业实际增值税税负超过2%的部分实行即征即退政策，同时依据WTO规则和国际惯例许可的全额退税原则，尽快恢复出口产品零税率，即提高农产品出口退税率，征多少退多少，从而增加我国农产品在国际市场上的竞争力。
2、扩大企业所得税的税收优惠。一是适度调减农产品加工企业所得税税率，可按照新企业所得税法中规定的中小型企业20%的企业所得税税率征税，提高农产品加工企业的利润水平，鼓励和支持农产品加工企业向规模化、产业化发展，推动农产品向深加工和高附加值方向延伸。二是增加税前扣除项目金额，允许农产品加工企业开发新产品、新技术、新工艺所发生的各项费用不受比例限制，按实际发生额计入管理费用全额扣除，并允许农产品加工企业采用固定资产加速折旧方法，鼓励高新技术向农产品加工企业的渗透，促进农产品加工企业的技术改造，提高加工产品的科技含量。三是加大减免税优惠力度，对中小型农产品加工企业可给予一定期限的所得税减免，新办农产品加工企业进行技术改造、购买国产设备的投资，可按规定比例享受抵免企业所得税的政策优惠，对于农产品加工企业引进的先进技术设备免征进口关税和进口环节增值税；同时，根据农产品加工业地区发展实际的不同，可以着重对西部地区、少数民族地区的农产品加工企业给予更大的税收优惠，从而更好的利用地区农产品资源，加大农产品加工增值，提高农民的收入水平。
3、实行间接的营业税优惠政策。农产品加工业的发展需要政府的引导和扶持，这不仅体现在对农产品加工企业的直接税收优惠方式上，还体现在对农产品加工业发展提供支持的间接优惠方式上。按照国家农产品加工业“十一五”发展规划，发展农产品加工业需要财政、金融、税收的协调支持。目前资金短缺是很多农产品加工企业的发展瓶颈，因此除了积极拓宽金融融资渠道外，政府应在税收上给予间接的支持。对给予农产品加工企业贷款的金融机构，减免部分营业税或直接予以免税；对于提供较低贷款利率的金融机构，其提供给农产品加工企业的贷款额达到一定数额后，可减免部分企业所得税。这样通过相应的税收政策，鼓励金融机构向农产品加工企业提供所需要的资金，促进农产品加工业的壮大发展。
