荷兰的农产品安全管理体系主要是由农业、自然管理和渔业部（荷兰语:MinisterievanLandbouw，NatuurbeheerenVisserij，简称LNV）、健康、卫生、体育部和一些专业协会共同组成。
1．农业、自然管理和渔业部及其隶属机构
荷兰农业、自然管理、渔业部（LNV）主要负责农产品生产过程中的安全标准政策制定，确保本国农产品在国际市场上的竞争优势。农业、自然管理、渔业部（LNV）由两个部分组成：政府核心部门和辅助机构，政府核心机构可以分为9个中央政策局、5个地方政策局和6个咨询管理局。9个中央政策局负责9个政策领域的政策制定，地方政策局主要负责促进地方政策的完善和地区之间的政策交流，咨询管理机构主要负责日常的行政管理和必要的工作设施、建议的提供，辅助机构主要负责相关领域政策的完善。
（1）国家家畜和肉类检测局。国家家畜和肉类检测局（TheNationalInspectionServiceforLivestockandMeat，RVV）是下属农业、自然管理和渔业部的一个核心专业局。RVV在5个省大约雇用了l600名受过良好教育的职员，同时还有数个实验室。RVV主要负责动物和动物产品生产和销售，以保护公众健康和动物福利。RVV的主要任务是：（1）为企业发放许可证；（1）对动物性产品的生产和销售进行检测和监测；（3）对动物及其产品进行检测；（4）发放卫生许可证和其他证件；（5）对非欧盟国家发放出口许可证。RVV的主要监测对象是：（1）红肉和红肉产品；（1）禽肉和禽肉产品；（3）出口的活动物；（4）鱼类、贝类及其产品；（5）进口动物和动物产品；（6）进口和转港出口的新鲜水果和蔬菜。
（2）环境、质量和卫生局。环境、质量和卫生局
（TheDepartmentoftheEnvironment,QualityandHealth，MKG）也是隶属于荷兰农业、自然管理和渔业部的一个核心局。MKG的主要职责有：（1）负责动植物健康（包括人类健康）、动物福利、环境、农业生产和市场流通链的质量卫生控制、动植物源饲料等的政策发展问题，进行发展战略的制定并贯彻执行，风险分析、风险管理和风险交流，生产方式，消费模式和技术创新等活动；（1）负责食品污染物（例如污染、微生物、自然毒素和残留）、兽药、饲料添加剂、农药等的监测体系建设与发展。
（3）首席兽医官。农业、自然管理和渔业部的首席兽医官（ChiefVeterinaryOfficer，CVO）主要负责动物疾病控制和为动物及动物产品发放许可证。CVO的工作要由国家肉类及家畜检疫局（RVV）和环境、质量和健康局（MKG）共同筹建的兽医机构协助。在国际交往上，CVO在欧盟和其他国际组织中代表荷兰与第三国进行有关磋商。
此外，还有荷兰奶业和奶产品控制机构（COKZ），公众健康和兽药事物检测局，动物饲料质量控制局（KDD）等也对农产品质量起到重要的管理监测作用。
2．健康、卫生、体育部
荷兰健康、卫生、体育部还下设了专门负责食品质量安全管理的总巡查员机构及若干地区分支机构，主要负责对巡视员和检查员进行资金资助，并进行相关立法。总巡查员总部位于海牙，大约有100名全职人员，其中绝大多数职员从事诸如法律建议、计算机管理、人员培训、信息发布、融资和质量控制等管理工作，并处理农产品质量安全的终审投诉和进行电话调查，同时也进行试验处理和规范检查程序。
在荷兰的北部、东部、南部、西北部和西南部地区设有5个地区巡察团，其机构设置与总检查机构相类似，主要负责计算机信息处理、人力资源培训、食品检测、兽医指导、宣传、管理和质量控制等工作。
3．独立机构和专业协会
（1）农药授权委员会。荷兰的农药授权委员会（TheBoardfortheauthorizationofpestcides，CTB）是一个独立的管理机构。它的主要职责是以1962年的《农药法》为依据，授权杀虫剂的使用。
（2）荷兰奶制品委员会。荷兰奶制品委员会成立于1956年，其组成成员代表荷兰奶业生产的各个方面，包括牛奶场、奶制品生产企业和奶制品批发、零售商。委员会主席是由皇室任命的，具有独立的地位。奶制品委员会具有执法权，可以强制性要求牛奶场、奶制品生产者和奶制品贸易者遵循既定标准。此外，该委员会还进行奶业信息的统计和奶业知识的传播，并受荷兰农业、自然管理和渔业部的委托负责执行欧盟的奶业市场规则。
（3）荷兰肉类委员会。荷兰肉类委员会是一个自发成立的非政府组织，主要代表荷兰肉类和肉类企业的利益。该委员会的运转主要靠家畜禽饲养者、屠宰者向荷兰家畜、肉类和蛋类生产委员会缴纳的部分税收资助。荷兰肉类委员会的主要目标是利用现代传媒，提高荷兰肉类和肉类产品的形象，以营造荷兰肉类出口贸易的良好环境，并收集和整理各地的食品安全和动物健康信息。
（4）动物饲料生产委员会。荷兰动物饲料生产委员会是一个荷兰所有饲料原料与复合饲料贸易协会、饲料原料贸易者、饲料原料生产者以及最终的饲料需求者的联合体，主要管辖范围包括粗饲草、饲料原料和食品加工处理过程中的副产品等。其主要任务是为动物饲料生产链制定质量规则（如动物饲料的GMP标准），以把饲料的质量控制纳入整个动物生产部门的整体质量控制体系。
二、主要农产品质量控制体系
1．饲料质量控制体系
动物饲料部门是整个食品生产链中很重要的一环，对荷兰肉类、奶类和蛋类质量来说尤为重要。从10世纪90年代开始，荷兰动物饲料生产委员会（PDV）就主要依据GMP标准来对饲料质量进行控制。饲料GMP质量控制体系是荷兰综合质量控制体系（IKB）的一个重要组成部分。
GMP是“GoodManufacturingPractices”的简称，GMP合格证是建立在ISO?9002质量管理标准和HACCP技术标准的基础上的。为了提高饲料质量水平和安全程度，荷兰的各饲料生产、流通部门内部都制定了相应的质量标准，并且各部门之间也达成了一系列的协议。这些动物饲料部门内部的质量控制措施是荷兰饲料质量控制GMP标准的一部分。荷兰动物饲料商品委员会负责发放GMP合格证，动物饲料质量局和国家家畜和肉类检测局也对产品进行检测，以保证产品质量符合要求。从1999年6月起，荷兰动物饲料生产委员会为了进一步增强对动物生产部门的质量控制，决定在整个动物生产链上进行风险分析，并更加强调了企业内部的危害关键点控制，同时将食品质量控制扩展到整个食品成分供给链。
2．猪肉质量控制体系
荷兰的猪肉以安全、高质量而闻名世界，荷兰对肉类的质量控制主要应用“食物链整体控制”（荷兰语IntegraleKetenbeheersing，简称IKB）的质量控制体系，IKB体系认为所有有关猪肉生产的活动都应是紧密相关的。在肉类供给链中，从农场到销售的每一个环节都应在交换信息的基础上，严格遵循《良好制造实践法》和《良好兽医实践法》（thecodeofGoodVeterinarianPractice,GVP）的要求，同时遵守相关卫生、兽药使用、运输和动物福利要求，特别是严禁使用生长促进剂。
另外，荷兰还有一种强制性的识别和注册（IdentificationandRegistration，I&R）体系。I&R是一种集中的管理程度，能够有效识别动物的来源。这也是IKB体系的一个组成部分。
IKB体系是在10世纪80年代由猪肉部门独立发起的，在1992年第一次公开地向公众介绍。IKB体系的成员都是自愿参与的，但是一旦参与就要求遵循IKB的特殊要求。1998年荷兰的屠宰动物中有90%参与了IKB体系，荷兰屠宰场大约每年要加工处理100万头通过IKB认证的猪，占整个荷兰全国屠宰量的97%。荷兰的IKB质量体系给荷兰的肉类零售商和消费者在肉类质量和安全上以高度的保证。
除了IKB体系外，荷兰的肉类企业还遵循IS0、GMP和HACCP体系的质量要求。荷兰所有的质量控制体系都是动态的体系，经常吸收最新的知识和经验。
3．奶产品质量控制
荷兰的奶制品质量控制主要运用GMP和奶业链条质量控制”（荷兰语KetenKwaliteitMelk，KKM）两个体系。GMP体系于2000年10月1日开始生效，这个体系主要致力于对整个食物链的追溯性、早期预警和提前干预。KKM在2000年初建立，这个体系主要是为了保证牛奶产品质量指标的实现。在荷兰几乎所有的牛奶产品都遵循KKM标准，所以对于不符合KKM标准的奶类的市场价格就要偏低。KKM的标准主要涉及到兽药使用、动物健康、奶类生产程序、饲料、水、卫生、生产过程的消毒、残留量水平和环境等各个环节。KKM的参与者所使用的饲料必须来自于具有GMP认证的饲料厂家，使用的兽药必须经过GVP认证，并且要登记农户购买和使用兽药的其他具体情况。
