据他介绍，现在我国每年进口转基因大豆超过三千万吨，这些大豆一旦种植在田间，就可能通过花粉传播等形式导致“基因污染”，破坏我国大豆的纯度。并直接侵害广大豆农的切身利益。我国大豆种植涉及约1.5亿人口，黑龙江省是大豆主产区，受到转基因大豆大量进口影响，豆农收入走低，每亩收益已由2000年的215.6元降到去年的78.3元。同时还对食用油企业造成严重冲击。国储库大豆最低收购价是3700元，而转基因大豆进口到岸价只有2700元，而且出油率还比国内大豆高2到3个百分点。致使以国产大豆为原料的食品油加工企业纷纷停产。
为此，孙东生委员经过深入调查后建议：一是加强优质非转达基因大豆生产基地建设。将大豆及大豆加工纳入国家粮食安全应急体系，制定非转基因大豆产业保护发展规划，建立我国独立的食用油原料基地，培育壮大本土食用油加工企业。二是提高转基因大豆进口的门坎，控制转基因大豆进口数量。转基因食品的安全性在国际上尚有争议，我国应在WTO农业协议允许的范围内，以保护人类健康、动植物生命安全为目的，采取有效措施，对转基因大豆进口实施必要的限制。对于主要以进口转基因大豆为原料的企业，可以考虑提高税率、强制明确标识等措施，从而达到促进整个中国大豆产业发展的目的。
