1、 沙门氏菌、大肠杆菌等有害菌感染导致的肠道疾病；
2、 化学物质特别是抗生素类等药物的 施用对畜禽产品品质损害；
3、 畜禽粪便处理不当造成的环境污染和饲养环境恶化；
国内外的科技工作者一直在努力探索，试图找到经济、有效的克服方法。综合比较已有的各种措施，近年来在国内外兴起的应用微生物制剂的方法，不但功效广谱、显著，而且具有简便易行、投资少、回报率高、安全可靠、无任何毒副作用等优点，能够使经济效益、社会效益和生态效益三者协调提高，有利于建立可持续发展的社会经济结构，发展应用前景极为广阔。
微生物饲料添加剂作为新一代环保型饲料, 经有关科研机构，生产单位在北京、河北、天津、甘肃、宁夏等地使用，取得了良好的效果。它的主要成分是乳酸菌、枯草杆菌、放线菌、酵母菌等多种有益菌，是从肥沃的土壤中分离出来的经培育、扩繁而制成，它可以作为猪、鸡、牛、鸭及鱼、虾等养殖业的辅助饲料使用。
微生物饲料添加剂基本作用原理：
动物的消化系统特别是肠内有上百种，数百亿的细菌形成肠内菌丛，它与动物健康有着密切的关系。肠内菌丛在发挥各种营养生理学作用的同时，还可以抑制病原菌增殖等防御感染的作用。家畜的大肠菌症、沙门氏菌症以及梭状芽胞杆菌肠炎的发生都与肠内菌的状态有密切关系。因此，使肠内菌丛的平衡保持正常对维护动物健康是必不可少的。它与畜禽生产中的各项指标的提高和改善有密切关系。
微生物饲料添加剂是一种取代或平衡动物生态系统中一种或多种菌系的微生物制品。狭义上讲，它是一种能激发自身有益菌种繁殖增长，同时抵制有害菌系生长的微生物制品。
其中含有大量的乳酸菌、酵母菌等多种有益微生物，作为饲料进入畜禽体内后，能迅速繁殖，一方面投入菌种的代谢物中和肠内毒素，抑制了其它有害菌丛的生长，另一方面在宿主体内形成了正常微生物菌群，为宿主合成主要的维生素，提供营养和阻止致病菌的入侵。
微生物进入一个微生态系统（畜禽体内）后，能否在那里定居，生长繁殖并成为正常菌群而形成一个由微生物、宿主、环境三者之间呈生态平衡的稳定的微生态系统；这要看做生物和宿主双方是否具备定植条件。一般来说，畜禽在幼年时期最容易接受外来有益微生物的影响，加速体内正常种群的建立，有利于有机体的生长和抗病能力的提高。在试验过程中，我们也发现，当从幼雏鸡开始饲喂微生物饲料添加剂饲料时，其效果最好，其原因也即在此。因此，在使用微生物饲料添加剂时应掌握好使用时间，例如猪应在产前就对母猪使用，鸡最好在育雏时即使用。
