该项目利用微卫星DNA多态性分析（SSR）和酶切片断长度多态性（AFLP）两种技术对我国76个地方鸡种和26个地方鹅种的遗传特性进行了系统分析，探明了我国地方鸡种和地方鹅种的分子遗传结构、品种间的遗传关系，揭示了我国地方家禽品种具有丰富遗传多样性的现状；研究开发了用于DNA指纹图谱绘制的ZWT1.0软件，成功绘制了地方76个地方鸡种、26个地方鹅种的DNA指纹图谱，为地方家禽遗传资源的保护、评价和利用提供了科学依据。
项目按照查询方便、快捷、直观等要求编制相关程序，并录入各个品种的基本资料(资源名称、图片、产地分布、外貌特征、生产性能、现有数量、保护状况等)、 SSR、AFLP标记分析结果（基因频率、基因杂合度、多态信息含量、共带率、相似系数等）、DNA指纹图等信息。初步建立地方禽种的分子信息库，为实现资源共享奠定基础。
项目建立了利用SSR和AFLP两种标记相结合进行禽种种质评定方法，开展鸡种鉴定方法的研究，提高了鸡种评价的科学性和准确性。开展了利用SSR分子标记技术监测地方鸡种保种效果的研究，建立了地方鸡种保种群分子标记档案，为从分子水平监测基因库小群保种效果提供了科学手段。利用SSR标记对以隐性白羽鸡和仙居鸡为亲本制备的F2代分离群体进行了与屠宰、生长和肉品质性状相关性研究，研究发现6个标记与肉品质性状相关，11个标记与屠宰、生长性状相关，这些标记可作为标记辅助选择或早期育种的分子标记。
