选择药物防治水产养殖动物疾病时必须掌握水产养殖动物对不同类别药物的药敏性。众所周知，不同的水产养殖动物对同一种药物具有不同的药敏性，尤其是外用泼洒的杀虫药常因不注意水产养殖动物对杀虫剂的药敏性而导致药害事故最为普遍。选择杀虫药全池泼洒时必须注意使用说明书上的用药禁忌，并注意有机磷类如敌百虫等对鳜鱼、淡水白鲳等养殖品种敏感，虾蟹类对除虫菊酯类药物如氯氰菊酯等高度敏感等。选用外用消毒杀菌剂时须根据水质肥瘦情况合理选择药物，清瘦水质或藻类丰富但有机质较少的池塘宜选用非氧化类杀菌药物如戊二醛、苯扎溴铵等，水质过肥且有机质丰富的水质宜选用氧化类杀菌药物如过氧化氢、二氧化氯、强氯精等；同时选择药物时还须注意药物对水产养殖动物的刺激性，无鳞鱼类如黄颡鱼、大口鲶、黄鳝等常因使用氧化型消毒剂如强氯精、漂白粉等强刺激性药物而破坏其粘液，从而使其丧失重要的保护屏障，应选用如苯扎溴铵、戊二醛等非氧化型消毒剂。
使用药物全池泼洒时应充分考虑水质因素。通常不良水质的表现形式可分为两类：第一类是水体缺肥或肥力无法释放的浮游植物量低的水体如澄清水、浑浊水、青苔水等，第二类是水体严重富营养化的养殖池塘如蓝绿藻水华水、红水、黑水、老绿水等。第一类水质的水体因为缺乏浮游生物，因而使用外用泼洒药物尤其是杀虫药后，常使水体浮游植物数量急剧下降而导致水体缺氧，同时药物被有机质或其它无机物消耗导致水体缓冲性差而发生药害事故，此类水质确需用药时应选择安全性大且低剂量用药。第二类水质的水体常因为富积大量的有机物质，在使用药物后因藻类死亡加重了水体的氧债而发生药害事故。此类水质用药前应首先使用化学类水质改良剂改水，再使用其它全池泼洒药物进行防病治病。
养殖户全池泼洒药物时须规避不良天气。选择好全池泼洒药物后应在晴好天气进行施药，用药前须密切关注天气，避免在暴雨天气、闷热天气、低气压天气等不良天气用药，而且在使用杀虫药时还应注意当天下午或第二天不能有低气压天气，否则会因养殖水体溶氧不足而产生药害事故。
安全有效合理用药的核心就是要遵循联合用药的用药顺序。根据水产养殖动物疾病的发病规律，总结数年药物防治水产养殖动物疾病的经验，在正确诊断疾病的基础上按照“先改水、再杀虫、后杀菌、然后口服、最后调水”的联合用药的规程，可有效防治水产养殖动物的疾病。“先改水”目的是为了消除或缓解水产养殖动物的应激反应、降解或消除池塘中的药物残毒以及增加外用泼洒杀虫杀菌制剂的效果，常用的药物有多硫化合物、高铁酸钾、硫酸铝钾等。“再杀虫”是指确诊水产养殖动物有寄生虫感染时必须采取的基础措施，药物选择时应根据不同寄生虫种类选择适宜的杀虫药物，并注意寄生虫的抗药性。“后杀菌”是指确诊水产养殖动物具有被病毒、细菌及真菌感染的典型临床症状时必须采取的措施。“先杀虫、后杀菌”，这主要是因为很多临床症状要求我们“杀虫为本、治病治表”，很多氧化型消毒剂往往会加重部分杀虫药毒性，同时针对寄生虫疾病如车轮虫、指环虫、中华鳋、锚头鳋病，养殖户习惯于施用杀虫药，而忽视了杀菌药的使用，从而导致细菌性疾病的继发感染如顽固性烂鳃综合症、暴发性出血病等。因而为有效杜绝细菌性疾病的继发感染，在使用完杀虫药后的1天~2天内须使用如过氧化氢或二氧化氯、苯扎溴铵等再杀一次细菌。“然后口服”是防治吃食性鱼类体内致病微生物及体内寄生虫病最为有效、直接的方式。“最后调水”是为了保证施药后通过使用化学类或微生态水质改良制剂及肥料调节水质，保持水体的“肥、活、嫩、爽”，维持水产养殖动物的健康生长。当然，防治某一种水产养殖动物疾病或多种并发症并不一定要全部使用上述五个规程，而是要具体问题具体分析。
注意搭配原则与剂量。为防治药害事故发生，应规避随意将不同类别的药物混配使用及超剂量使用药物全池泼洒或口服。每一种药物都有其独特物理化学性质，大多数渔药生产企业出品的药物均是由两种或两种以上成份复配而得，如果只关注商品药物的主要成份随意将不同性质的药物混合后全池泼洒，可能会通过化学和物理反应增加药物对水产养殖动物的毒性而发生药害事故，即使是相同性质的药物通过混合也会增加单位面积的用药浓度从而发生药害事故，因此将两种药物混合或配合使用时应在专业技术人员的指导下进行。需要注意的是，外用泼洒药物不得用于口服，否则不仅会使水产养殖动物产生应激反应，更会发生药害事故。
当然，从维护人类自身的生存环境、保护水域生态环境、保障水产食品安全的角度出发，选择药物防治水产养殖动物疾病时，须注意休药期，严禁使用国家禁止使用的药物。
