据了解，本次调查将依据不同的调查目的和任务，设置以下四种调查方式：
一是紧急流行病学调查。当动物出现以下情况之一时县级以上畜牧兽医主管部门应当及时组织实施现地、追溯和追踪调查，寻找风险因素、判断扩散趋向、评估防控效果，提高重大动物疫病应急处置工作的科学性：即怀疑或确认发生高致病性禽流感等重大动物疫病；怀疑或确认发生疯牛病等外来动物疫病；猪瘟等主要动物疫病流行特征出现明显变化；牛瘟、马鼻疽等已消灭或基本消灭疫病再次发生；较短时间内出现导致较大数量动物发病或死亡且蔓延较快的疫病，或怀疑为新发病。
二是定点流行病学调查。中国动物卫生与流行病学中心和省级动物疫病预防控制机构要在重点地区（以国家动物疫情测报站、边境疫情监测站所在地为主体）设置流行病学调查点，持续监视动物养殖、免疫、流通、屠宰环节的风险因素变化情况，结合特定动物疫病的血清学和病原学监测结果，预测疫情发展趋势，评估疫病防控效果，提高防控工作的针对性。
三是专项流行病学调查。针对重大动物疫病防控中遇到的特定问题，中国动物卫生与流行病学中心和相关省级动物疫病预防控制机构适时启动专项调查研究，为畜牧兽医主管部门提供决策咨询。
四是指定流行病学调查。农业部和省级畜牧兽医行政主管部门要面对外来病、新发病发生风险，或自然灾害、环境气候变化等因素对动物疫病发生流行造成影响，或重大节日、大型赛事和重要活动期间需要评估疫情发生风险时，可根据需要指定开展动物流行病学调查。国家级指定流行病学调查实施方案由中国动物卫生与流行病学中心制定，省级指定动物流行病学调查实施方案由省级动物疫病预防控制机构制定。
该《方案》提出，农业部作为业务主管部门根据全国动物疫病防控状况，制定和发布全国动物疫病流行病学调查方案，并组织实施。全国动物防疫专家委员会流行病学分委员会承担全国动物疫病流行病学调查方案及重要调查结论的审定、论证、咨询和技术支持工作。
各省、自治区、直辖市畜牧兽医主管部门依据本方案，结合当地实际情况，制定辖区内工作方案。省级动物疫病预防控制机构具体实施辖区内流行病学调查工作，监督指导辖区内国家动物疫情测报站和边境疫情监测站的流行病学调查工作，省级动物流行病学调查专家组承担辖区内技术支持和培训工作。
市、县两级动物流行病学调查工作队具体实施辖区内流行病学调查工作。国家动物疫情测报站和边境疫情监测站要按照本方案要求，承担指定区域内动物疫病流行病学调查和评估工作，定期报送流行病学调查信息。
中国动物卫生与流行病学中心协调各分中心和相关兽医实验室，承担全国主要动物疫病流行病学调查、分析评估、技术指导和培训工作；汇总全国流行病学调查和检测数据，组织起草流行病学调查评估报告。各分中心和相关兽医实验室按照本方案规定，分别承担或参与有关动物疫病的调查检测和分析评估工作。必要时，相关兽医实验室根据农业部要求参加主要动物疫病流行病学调查工作。
《方案》要求地方各级畜牧兽医主管部门要切实加强领导，尽快制定辖区内工作方案，协调有关部门将所需经费纳入地方财政预算，将流行病学调查工作纳入动物防疫考核的重点工作内容；保障动物疫病预防控制机构组织开展流行病学调查，协调畜牧兽医技术推广机构、动物卫生监督机构提供畜牧业生产和检疫监管数据。农业部重大动物疫病定点联系工作组要加强对各地流行病学调查工作的督促检查。各省、自治区、直辖市畜牧兽医主管部门对组织机构、责任机制、技术力量落实不到位的，要进行通报批评。对影响重大动物疫病防控工作、造成疫情扩散的，要依法追究责任。
中国动物卫生与流行病学中心要强化动物流行病学数据库建设，进一步提升预测预警技术支持能力；强化流行病学分析评估工作，及时向农业部兽医局报告流行病学调查、分析评估和工作报告机制，有计划地提高技术支持能力。各市、县动物疫病预防控制机构要系统、规范地开展流行病学调查，及时准确地报送信息，定期开展评估，为促进动物疫情预调查工作进展，省级动物疫病预防控制机构要为健全流行病学测预警和应急处置工作提供技术支持。各分中心要按本方案要求及时向中国动物卫生与流行病学中心报告调查工作进展。
