自2001年起，我国实行对牲畜口蹄疫进行强制免疫，2005年开始对禽流感进行强制免疫，2007年开始对高致病性猪蓝耳病、猪瘟和小反刍兽疫进行强制免疫。“十一五”期间，中央财政投入各类强制免疫疫苗经费近120亿元，重大动物强制免疫补助政策使全国禽流感等重大动物疫情逐年下降，疫情起数明显减少，疫情范围明显缩小。
目前，我国对高致病性禽流感、口蹄疫、高致病性猪蓝耳病、小反刍兽疫发病畜禽和布病、结核病检测阳性奶牛实施重大动物疫病强制扑杀经费补贴。近年来，中央财政投入强制扑杀补助经费近4.5亿元，通过这项政策，减少了养殖户的损失，调动了养殖户防疫积极性。
同时，近年来，中央财政对基层动物防疫工作给予稳定的经费补助，提高村级防疫员待遇。2008~2010年，中央财政每年安排基层动物防疫工作补助经费6.5亿元。今年7月，中央财政又将基层动物防疫工作补助标准提高到1200元/人/年。
此外，动物防疫体系的建设对改善防疫基础设施、扩内需、促增长发挥了积极作用。“十一五”期间，国家组织实施了《全国动物防疫体系建设规划》，全国动物防疫体系建设累计投入资金83.8亿元，初步形成了覆盖全国的中央、省、县、乡四级防疫网络，建立健全了动物疫病监测预警、预防控制、检疫监督、兽药监察，防疫技术支撑和物资保障等系统，形成了上下贯通、横向协调、有效运转、保障有力的动物防疫体系，提高了重大动物疫病预防、控制和扑灭能力，兽药质量监察和兽药残留监控能力，动物及动物产品质量安全追溯能力。
