该项目是“鲤鱼基因组计划”的阶段性成果。2009年底，“鲤鱼基因组计划”由中国水产科学研究院水产生物应用基因组研究中心、黑龙江水产研究所联合中国科学院北京基因组研究所启动。
为基因组水平育种奠定基础
在采访中，中国水产科学研究院水产生物应用基因组研究中心主任、水产生物技术应用领域首席科学家孙效文表示，研究人员从基因组资源挖掘的角度做了大量工作。这些工作将为实现经济性状在基因组上的精确定位、解开鲤鱼的经济性状（生长速度、抗病能力等）和基因的复杂关系、实现性状基因定位及杂种优势分析、利用和育种研究提供了平台。
目前基因测序装配已经完成，研究成果正在逐步应用到育种当中，相关开发软件也已被同行认可和应用。
据孙效文介绍，该成果从群体遗传学应用角度，实现了基础研究与应用研究的结合，为实现基因组水平的水产育种产业化奠定了基础。
将基因和性状关系的研究结果应用于育种研究，主要包括三个阶段：一是基于亲本间遗传关系，避免近亲交配为主要目标的分子水平育种；二是基于经济性状和基因之间相互关系，尤其是经济性状的数量性状位点研究结果和功能基因组研究结果进行分子育种；三是基于全基因组信息的经济性状与基因相互关系的分子育种，尤其是对重要经济性状如品质性状（肌间刺、氨基酸代谢等）的关键基因及信号通路的研究结果，以及进一步的群体基因组学研究结果。
水产生物人才匮乏亟待重视
谈及中国水产行业未来的发展，孙效文说：“项目进行中遇到的主要困难就是优秀人才的流失和缺乏，这也是目前中国与欧美发达国家研究领域的主要差别，尤其是水产行业的基因组研究和生物信息学方面的人才，目前国内仍处于极度缺乏的状态。”
美国相关研究开展较早，从事基因组研究的人才队伍庞大，且人员流动和交流相对容易和频繁，只要有好的研究平台和待遇，不难吸引到优秀的人才，而我国基因组研究人才整体匮乏，由于体制和待遇等原因，能够分流到水产生物基因组研究领域的人才则更加稀少。
孙效文表示，中国水产生物的基因组研究也有自己的优势，比如中国的鲤鱼养殖有几千年的历史，长期的自然分化和人工选育使得中国的鲤鱼种质资源丰富度为世界之最。
中国水产业对基因组研究技术的需求度极高，尤其是淡水主要养殖鱼类具有肌间刺、肉质等品质方面的不足，这些性状的改良十分依赖相关的基因组研究结果。
此外，中国水产养殖业产量世界第一，占全世界的70%，这种巨大的市场需求也是基因组研究快速发展的重要动力。
目前，该项目正在集中力量，从基因组水平对优良品种和优良地理种群进行种质评估，以期在群体基因组水平上提供下一步分子育种所必需的实用性强的基因资源和标记。
同时，研究人员也在对鲤品质性状（肌间刺、脂肪发生、氨基酸代谢与合成）的关键基因及信号通路进行解析与阐述，以期在基因组水平上开展鲤的经济性状全面家养化培育研究。
