由丹麦食品、农业和渔业部授权进行的一项研究表明，有机猪养殖模式下的仔猪死亡率很高。科学家们正在努力研究提高其存活率。
丹麦食品、农业和渔业部及猪场联盟在2011年达成了一项行动方案，旨在降低仔猪死亡率，还将重点关注一项长期的育种项目来确保更多的仔猪存活下来。这一方案会给传统生猪养殖及有机生猪养殖带来益处。
近期一份由丹麦奥胡斯大学发布的研究表明，对比传统生猪养殖，有机猪养殖中仔猪死亡率较高的原因有以下几点。
饲养者在传统生猪养殖模式下使用的一些管理方法，并不能够在有机猪养殖中使用。比如，在传统猪养殖模式下，可以把大量仔猪转给自产仔猪已经断奶的母猪喂养，但有机猪养殖却不可以。另外，在有机猪养殖中，母猪是在开放的猪栏中产仔，这就难以控制产期和早期哺乳期，如果此时出现问题，那么将难以控制。最后，有机猪更容易受到自然灾害的袭击，例如来自狐狸和猛禽等的攻击。
来自有机猪猪场的研究表明，其仔猪死亡率为33%，这比传统生猪养殖中的仔猪死亡率要高。降低有机猪养殖中仔猪死亡率这个需求很迫切。
科学家们指出需要在有机猪的产仔区设计上做出革新，改进监控工具和母猪通道，方便更好地调整每窝产仔数和管理哺乳母猪。
有机母猪需要产下相对较少但更大更强健的仔猪，这样母猪就可以更好地照顾自产仔猪。
