在无抗生素的生产环境下，家禽肠道健康管理不能使用预防性的饲料添加药物，如抗生素和抗球虫药，其重点由对抗肠道微生物群落（菌群），转变为利用肠道微生物群落（菌群）。这通常是通过使用益生元和益生菌来实现。微生物导致的健康风险包括但不局限于：亲代与子代孵化前的分离、全进全出的生产系统、整体清洁和消毒、高采食量、高蛋白质日粮和高存栏密度。通过稳定肠道生态系统，将有可能实现肠道组织的良好发育，从而保障健康的肠道功能。促进菌群的成熟和稳定，对雏鸡的初期发育最有效。
然而，即使在肠道组织发育良好、肠道功能健康的情况下，肠道菌群的稳定性仍可能因集约化的生产方式而受到风险的威胁，这些问题都需要有针对性地加以解决。应在日粮更换，或者应激导致紊乱并使用了抗菌治疗后，再来考虑通过益生素或益生菌来调节肠道菌群状态。
肠道生态
早期肠道发育的重要性怎么强调也不为过。
消化和吸收效率与肠道表面积及上皮层的发育状况直接相关。上皮细胞的微纤维及细胞间的紧密接合，构成了肠道细胞骨架，从而使肠道组织与复杂的肠道微环境隔离。上皮细胞表面由众多绒毛和微绒毛覆盖，使其面积增加了约600倍。
这也促进了机体内水分的循环利用和营养物质的不断吸收，同时防止微生物及其有毒代谢物对机体的侵害。
复杂的和谐
肠道菌群和宿主之间的关系既复杂又和谐，这对于肠道的消化和吸收功能至关重要。这种关系受到任何破坏，都会刺激宿主产生保护性反应，包括引发炎症和胃肠道疾病。
肠道菌群成分的消极变化与肠道功能恶化有关，这可以通过饲料转化率来评估。家禽行业通常所谓的菌群失调症，在欧盟禁止向饲料中添加抗生素后变得很常见。
尽管家禽生产系统都是全进全出模式，但从肠道菌群的角度来看，它们是连续的。某些得以存活的肠道菌群成员，由一个周期转移到下一个周期，成为下一批次家禽肠道菌群的储备种子。宿主菌群的改变，可能要历经多个生长周期。
即使是肠道菌群成分的微小变化，都会影响长期生产力，因此需要对此加以管理。营养吸收的效率取决于一个良好肠腔环境的及早建立和维持。
在禁止药物添加的生产系统中，重点由对抗有害微生物转向培育有益微生物。其中，最简单的方式包括：
向肠道播种有益菌
向有益微生物提供营养，促使其快速主导肠道环境
消除有害微生物
向肠道播种有益微生物首先在肠道定植的微生物决定了复杂菌群所必需的微环境，从而决定了顶级菌群的组成。由于菌种能够调节肠道上皮细胞的基因表达，为稳定良好的顶级菌群创造有利条件，因此肠道的定植应是任何肠道健康措施的起点。
最先进入鸡苗肠道的微生物源自亲代家禽，因此肠道健康的管理应从亲代菌群水平的控制开始。肠道微生物的垂直传播可通过鸡蛋携带，或者也可能是蛋壳污染的结果。
在清洁的人工孵化环境中，即使是低剂量的有益菌，也可以提高对病原菌定植的抵抗能力。因此，在发育早期就向家禽肠道人工播种有益菌，非常有效。培育有益微生物除了向肠道播种有益菌，提高有益菌的增殖能力、竞争能力和定植能力也非常重要。
弱有机酸可以用来改变肠道菌群的群落结构。作为弱质子供体，弱有机酸能够不受前胃和砂囊失活的影响，而它们存在于小肠，则会改变其微生物群落的构成。增强耐酸性微生物如乳酸杆菌的竞争优势，降低非耐受性微生物如梭状芽胞杆菌的竞争能力，这些措施使引导菌群发展成为可能。此类微生物调节方法将产生短期和长期影响。
消除有害微生物随着定植的进行，微生物彼此联接并附着于上皮细胞，由此在肠道表面形成一个牢固的黏附垫，病原体因此无法侵入上皮表面。
微生物附着于宿主细胞产物（粘液）和肠道上表皮的特定微生物对接点上，这对于肠道定植和感染来说是极其关键的第一步。由于某些肠道病原体识别并附着于特定的肠道上皮糖蛋白上，模仿这些对接点的人工产品能有效防止这种附着。
病原体引发的肠道内层炎症能刺激黏液分泌，增强对位细胞渗透性，并加快饲料的通过速度，之后就会自我延续。
对抗球虫病目前，对于禁止药物添加的家禽生产系统而言，接种疫苗是对抗球虫病风险的唯一途径。
美国的球虫疫苗没有稀释，整个免疫过程采取控制曝光法。降低控制曝光法副作用的唯一途径就是控制剂量。剂量太高会导致过度反应和早期（1~2周）肠炎。剂量太低则不能充分反应。临床球虫病潜伏期一般为3~4周。
简单策略
商业运作环境下的肠道健康改善策略需要考虑成本、可持续性、农场实际情况和整体性。干预/产品选择需要兼顾科学性和实用性，并且要明确达成目标。如今，在使用替代产品培育和稳定有益菌群方面的努力显示出良好的前景。虽然干预方法有多种，但其中三种最具希望：通过向鸡苗肠道播种有益微生物，使用适当的有机酸培育有益菌，使用1型菌毛阻滞剂消除有害菌，将能够提高无抗生素环境下的生产性能。
