揭示并查处粮食企业存在的违法违纪问题，保护国有资产安全完整是本次粮食清理审计工作的目标之一。在第一阶段审计中，省审计厅各处室开展的第一批14户企业审计中，已发现5户企业存在重大违纪违规问题，占审计总量的36%，其中一户企业虚购虚销粮食，骗取国家补贴问题经查实后已移交有关司法部门。牡丹江市审计局查出了3起个人挪用公款的案件，经查实后移交了有关司法部门。在第一阶段审计中，牡丹江市审计局对18户粮食购销企业财务挂账清理审计，共揭示出违纪违规资金1.4亿元。肇源县审计局、虎林市审计局发现的“小金库”问题、资金体外循环问题等也正在延伸审计中。很多地市、县审计机关也初步发现了粮食损失严重、包装物损失数额大、骗取国家补贴等问题。
自8月10日开始的粮食清理审计是粮食流通体制改革工作的一个重要组成部分，是省委、省政府促进全省粮食经济健康发展的一项重要举措。清理审计结束后，全省国有粮食购销企业的改制、改革和重组将全面启动。在加大违纪违规问题审查力度方面，各审计组普遍采用了“粮食企业‘小金库’资金的主要来源及检查方法”，抓住了部分粮食企业截流粮食收入、虚列财务收支、虚报粮食损耗、骗取国家补贴和私设账外“小金库”行为发生的重点环节和采取的手段。大庆市审计局对库存商品采取“一盘二测三分析”方法，对往来款项采取“活证查实、死证查靠”方法，对农发行贷款及利息“分类审查，分类抽查”，对企业应进未进费用进行“全面清算”等等一系列行之有效的方法，为提高审计效率提供了保证。
据悉，此次粮食清理审计将于年底前全部结束。
