这次暴雨洪涝灾害直接造成了畜禽栏舍等基础设施倒塌、受损和种畜、母畜、幼仔的死亡。全省畜牧兽医系统积极应对暴雨灾情，帮助养殖户转移畜禽等生产资料，采取果断措施防控高致病性禽流感、高致病性猪蓝耳病、口蹄疫等重大动物疫病，全力做好抗灾救灾工作。但局部地区因灾情严重，恢复畜牧业生产还存在一定困难：
一是无害化处理因灾死亡的畜禽工作量大。为防止病死畜禽污染水体和环境，及时清除灾区死亡畜禽，对畜禽尸体进行无害化处理是事关人民生命财产安全的大事，全省因灾导致病死畜禽达 271.17万头（只），各重灾区需要投入大量的人力、物力、财力来对病死畜禽进行无害化处理，同时要加强栏舍和场地消毒，迅速对灾区畜禽生产场地及周边环境、生产工具进行全面彻底的消毒处理；
二是灾后重大动物疫情复杂。暴雨袭击导致很多隐藏在自然界病原微生物暴露于环境中，给重大动物疫病和人畜共患病的防控工作带来很大压力，因此必须加大工作力度，及时向灾区调拨足够的防疫物资和紧急接种疫苗，组织开展灾后免疫注射，对重大疫病实施紧急免疫，加强疫情监测与巡查，预防灾后动物疫病和人畜共患疾病的暴发和流行，确保水灾过后无大疫；
三是部分地区畜牧生产基础设施损毁严重。在黄冈、黄石、咸宁、荆州等重灾区，很多养殖小区（场）因灾导致道路、供水、供电设施损毁和饲料兽药等重要生产资料被淹没、冲走，养殖户遭受了巨大的经济损失。广大养殖户在灾后需要投入大量的资金，加固损毁的畜禽栏舍，做好填槽补栏恢复生产，当前急需技术、资金、物资等方面的扶持。
据初步测算，全省共需消毒药品2.5万吨，折合0.7亿元；需蓝耳病、口蹄疫等防疫疫苗5000万头份（其中其中生猪为1600万头份、家禽为 2500万头份、牛羊为900头份），折合0.8亿元；修补畜禽圈舍倒塌毁损80.7万平方米，折合0.8亿元；填槽补栏（笼）生猪10.0万头，家禽 1.5亿只，牛羊0.8万头，折合4.79亿。畜牧灾后重建共需资金合计7.09亿元。
目前，部分地区暴雨仍然没有停止，灾害影响还在继续，特别是灾区高温高湿的天气，极易造成蓝耳病、炭疽等重大动物疫情爆发，灾区人畜共患病、畜产品质量安全等大量次生灾害风险不断加剧。
