1.不当甚至违法使用养殖投入品
所谓养殖投入品，除种苗外，最主要的是饲料，其次是渔药、微生物环境改良剂、饲料添加剂等物质。养殖投入品对水产品质量有着重要的影响。总体讲，我国渔业投入品的问题较多，管理和使用比较混乱。从种苗、渔用饲料、药物到加工用料的使用都存在不少问题和不规范的地方。
(1)渔药残留超标影响养殖水产品质量安全
药物残留超标严重威胁水产品的卫生安全质量和消费者的健康与生命安全。目前水产品中主要有喹诺酮类、抗生素类、磺胺类和呋喃类以及某些激素等残留。目前我国养殖水产品中依然存在土霉素、呋喃唑酮代谢物等残留量超标以及孔雀石绿等违禁药物禁而不止的现象。2006年11月，上海药监局从市场抽查30件多宝鱼样品全部检出硝基呋喃类代谢物，部分样品还检出环丙沙星、氯霉素、红霉素等多种违禁渔药，这一事件的发生不仅影响了消费者的生命安全(人体长期大量摄入硝基呋喃类化合物，存在致癌的可能性)，而且使养殖户的利益遭受损失(占全国多宝鱼产量70%的山东省出现了大面积滞销)，对整个水产业造成了巨大的破坏，全国鲜活水产品交易量一天下降19%左右，其中淡水鱼交易量下降近四成，平均价格下降了近3%。
此外，我国出口水产品频频被进口国检出药物残留超标而被退货、销毁甚至禁止进口的事件也时有发生，成为扩大水产品出口的主要障碍。由于药物残留问题，我国出口水产品药残风波不断。
其次，渔药质量无保障，在渔病防治过程中，滥用药物的现象非常普遍，如不按动物的营养需要盲目添加抗菌药物、促生长剂，不遵守药物的休药期等。一些生产厂家将过期的回收药物重新包装销售，产品中往往添加不明成份，如湖南省进出口检疫检验局曾在出口水产品中检出违禁药物呋喃唑酮，而呋喃唑酮是作为不明成份添加在三黄粉内。一些鱼药厂家还使用剧毒有机磷、菊酯农药作渔用杀虫剂。部分渔药未经药理、毒性试验就直接投放市场。
另外，渔业生产者使用渔药不规范，存在乱用滥用渔药的不良行为。虽然国家三令五申，仍然存在使用孔雀石绿、氯霉素等违禁药物的现象。病急乱用药，只要出现发病死鱼，就杀虫和消毒药物同时使用，有时数倍加量使用，对水质造成严重污染，并在养殖水产品体内富集残留。近年来，水产养殖在许多地区迅猛发展，通过增大放养量以获得高产和高效益是目前许多养殖场所采用的养殖方式。由于放养密度和投饲量大，养殖水体中排泄物和残饵的累积使水质极易恶化，从而诱发各种水产动物疾病。在渔病防治过程中又存在严重的问题，如不按动物的营养需要盲目添加抗茵药物、促生长剂，大剂量添加或乱配伍，不遵守药物的休药期等。这些都能造成水产品中的药物残留过高，从而对人类健康产生威胁。
(2)饲料及饲料添加剂对水产品质量安全的影响
饲料质量是影响生态系统、养殖动物抗病力和产品质量的关键因素之一。水产饲料简单来说有人工配合饲料和鲜活饲料及小杂鱼之分，投喂鲜活饲料及小杂鱼，虽然饲料蛋白质含量较高，但容易造成水质污染，而营养全面的优质全价系列饲料的使用和普及，为大量优质水产品的生产创造了条件。按饲料性质和原料，水产动物常用的原料种类可分为、蛋白质饲料、矿物质饲料、饲料添加剂。
饲料对水产品质量安全的影响主要表现：一是不合格饲料和渔药的滥用。由于不合格饲料和渔药的滥用，致使鱼虾减产。其中过量添加微量元素还导致产生另一个环境问题。二是渔用饲料缺乏安全。部分渔用饲料厂家不按国家和行业标准生产，致使部分渔饲料公害严重。具体表现为：在饲料中大量添加抗生素等添加剂，造成养殖水产品品质下降、养殖水体污染，部分饲料中甚至含有激素、类激素等，药物通过养殖水产品的富集，对消费者的健康构成威胁。
(3)水产苗种质量无保障
亲本的质量直接影响到子代的遗传性状，尤其对子代的生长速度、外形特征、抗病力影响较大，因此在苗种生产中必须选择优质的亲本进行繁殖。国家规定，严禁近亲繁殖的后代用作亲本。亲本的使用年限有一定的规定，达到年龄的亲本必须进行更换(通常采用逐年更换一定量的方式进行)，否则生产出的苗种将会达不到国家的有关规定。然而由于生产企业对优质水产种苗的生产和开发重视不够，投入不足、造成原种不纯、良种不良，苗种生产不按标准，甚至近亲繁殖，质量无保证，引种育种、开发推广无序等，无质量保障的种苗在高密度养殖过程中多会疫病暴发，使养成的产品品质下降。
2.水产品产地环境污染
渔业水域环境对水产品质量安全的影响主要表现为：(1)养殖水体的问题。水生动物终身生活在水中，从某种意义上讲，水质的好坏对水产品的质量具有决定性作用。近年来，我国养殖水体受污染的情况越来越严重，养殖水域从海水到江河湖泊，再到池塘都不同程度地受到工业、生活污水的污染，海洋赤潮频发，特别是池塘养殖作为我国水产养殖的主要方式，水质状况不容乐观，主要有以下原因：一是部分池塘养殖用水源取自江河湖海库，不同程度地受到污染，二是部分池塘多年没有清淤，三是部分池塘水体交换量少，一些池塘水位靠自然降水维持，有的还成为农民的洗衣场所，池水自净能力差，四是商品鱼基地集约化程度高，大量地投饵施肥，加之水生动物的排泄，如不能及时采取加注新水等净化措施，池塘水质就难能达到养殖水质标准。经过监测，养殖水质主要污染指标有氨氮、重金属、石油类、有机酚类、有机农药等;(2)环境污染加重。由于现代工业的飞速发展和人口的急剧增加，“三废”大量排入 江、河、湖 、海等水域和大气中，过量农药的使用，在雨水的冲刷下，也汇集到江河湖海中，不但污染了环境，同时也污染了水生生物。环境污染产生了各种有害物质，主要有：无机有毒物质如各类重金属、氰化物、氟化物等;有机有毒物质如二噁英、多氯联苯等;生物有毒物质如赤潮。水生生物极易富集危害因子，水产品内的不安全因子往往通过食物链由低等生物向高等生物转移，加之生物富集作用，严重危及人类健康和生命安全。
3.水产品质量安全管理不到位
以水产品从生产到上市流通的完整产业链为例：按照目前的法律框架，在水产生产、成长环节，生产兽药的企业由农业部兽药局、工商总局负责，使用兽药的养殖业及作为兽药载体的饲料生产企业和饲料添加剂由农业部负责管理;在流通环节，卫生监督由卫生部、商务部、国家质监总局负责。水产上市进入销售领域后，需要同时接受工商部门、行业主管部门、卫生部门、质监部门、环保部门的监管。执法中各部门职责交叉，界限和责任又不很明确，出现了执法利益部门化的趋势，形成了执法模糊或真空地带。
