在种子的形态鉴定当中，对于鉴别栽培品种的最有用的形态鉴定的指标有性状，大小，表面特征和种子颜色等。其中种子表面特征可以从光滑到粗糙，从光亮到灰暗的不同程度的变化，并且其表面结构也有凹陷、沟纹或者其它的类型的形态结构差异。种脐特征，特别是性状大小和着生的位置是鉴定品种的最明显的特征。毫无疑问，种子形态特征是植物生活史中最稳定的性状之一。因此是鉴定品种的重要的依据。即使这样，在种子的利用的形态特征鉴定品种的纯度时仍然回碰到一些问题，这是因为，真正能够用于鉴定品种纯度的饿特征是有限的。只有诸如种皮颜色，类型、稃棵壳颜色等几个形态特征，并且这些特征只适用于这些品种有差异的情况。另一方面，许多种子由于成熟度的不同，在加工过程中会使部分结构脱落，并且种子的大小和颜色还会受到土壤和气候的影响，所以在进行品种鉴定的时候要注意这些问题。
1. 试验样品
随机从净度分析的样品中数400粒种子，鉴定时必须设置重复，每个重复不超过100粒种子。
2. 鉴定的方法
根据种子的形态，必要时借助放大镜进行逐粒的检查。必要时备有标准的样品或者鉴定的图片等相关的资料；
3. 鉴定的标准：
鉴定玉米种子可以根据粒型（马齿型，半马齿型、硬粒型）、粒色（白色、黄色、红色、紫色），籽粒的顶部性状（长方，长圆，圆）、顶部颜色以及粉质的多少、胚的大小、性状，胚的部的皱折的有无，多少，花丝的遗迹的位置与明显的程度，稃色籽粒上棱角的有无以及明显的程度等。
幼苗鉴定法
在适宜的发育条件下，让幼苗发育到一定的阶段，根据幼苗的形态特征区分不同的品种，或者在一定的逆境条件下，根据品种对逆境的反映来鉴定不同的品种。
1. 试验样品
随机数取净度分析后的净种子400粒，设置重复，每个重复不超过00粒。
2. 鉴定方法
将种子置于沙床上，（加水量为沙的持水量的60%）在25度的光照培养箱中培养14天，也可以在室温透光的条件下培养。
3. 鉴定标准：
玉米的芽鞘颜色是可遗传的质量性状，可以据此来区分不同的品种。芽鞘颜于芽鞘颜色不同的品种。
