会议听取了审计署关于2006年度中央预算执行和其他财政收支审计发现问题初步整改情况的汇报，发展改革委、财政部、农业部、民航总局、三峡办等就本部门及所属单位存在的问题和整改情况作了检查和汇报。
会议指出，这次审计署受国务院委托向全国人大常委会所作的审计工作报告，突出反映了预算执行情况、国有控股金融机构和国有企业领导人员经济责任审计情况。从审计情况看，中央预算和财务管理存在的主要问题是：一些地方和部门预算执行随意性较大，预算约束力不强；中央转移支付资金项目设置交叉重复、投向分散；部门所属单位依托部门权力收费问题比较突出；一些部门和单位预算管理不规范、违法违规，造成损失和浪费。
会议指出，这次审计反映的问题，主要涉及行政管理体制特别是财政体制上的问题，整改工作必须着眼制度建设，完善体制和机制，从源头上杜绝预算执行中的违规违纪问题。（一）完善预算管理制度，提高预算编制的科学性和准确性，规范转移支付制度，强化预算审计，维护预算的权威性和严肃性。（二）切实加强中央政府投资管理，健全投资管理制度，强化监督制约机制。（三）加强机关内部财务管理，把责任落实到部门、岗位和人员。（四）加强对部门所属单位的管理，规范政府授权行为，大力推进政事分开，严格执行“收支两条线”管理规定。（五）落实责任追究制度，执行中央预算，部门主要负责人既要对部门出现的问题负责，也要对下属单位出现的问题负责。
会议要求，各有关部门和单位必须按照全国人大常委会的要求和审计署依法下达的审计决定，切实做好整改工作，并对相关责任人作出严肃处理。对审计发现的违法违规资金问题一定要坚决纠正，该上缴财政的要上缴，该归还原资金渠道的要归还，该追究责任的要追究。
会议强调，国务院各部门、各单位要严格执行国家的法律法规，在全国起模范带头作用。每个政府工作人员都要牢记，我们手中的权力是人民赋予的，掌管的每一分钱都是属于人民的，必须用来为人民服务，决不能用来为小团体、小单位和个人谋私利。
会议指出，为保护和改善环境，保障人民群众的健康，保证水资源的有效利用，促进经济社会可持续发展，需要对现行的《中华人民共和国水污染防治法》进行修订。这次修订着重对建立水环境质量监测和信息统一发布制度、全面推行排污许可制度、健全饮用水水源保护区分级管理制度、完善水污染事故应急处置程序等作出了规定，强化了违法排污者的民事责任和治理责任，加大了对违法行为的处罚力度。会议决定，《中华人民共和国水污染防治法（修订草案）》经进一步修改后，由国务院提请全国人大常委会审议。
会议认为，为加强对民用核安全设备的监督管理，保证民用核设施的安全运行，预防核事故，保障工作人员和公众的健康，保护环境，制订《民用核安全设备监督管理条例》十分必要。会议决定，该条例草案经进一步修改后，由国务院公布施行。
