资源优势逐渐减弱
进入新世纪以来，国家确定新疆棉花主产区为国家重点产区，从政策上给予了大力支持，资金上大力投入。经过“十五”、“十一五”建设，新疆优质棉基地的基础设施和基地建设得到进一步实施和完善，种植面积、种植水平、管理水平、总产量、平均亩产单产、销售量都处于全国第一位。作为我国唯一的长绒棉生产地区，新疆的长绒棉不仅产量高而且质量好。棉花产业已经成为了新疆的主导产业之一，新疆农民的收入大约有40%~45%的收入都来自于棉花产业。
多年以来，我国的棉花价格一直与美国、澳大利亚接近，甚至略高，比印度、巴基斯坦棉花价格大约高10%~20%。随着印度、巴基斯坦棉花种植技术、加工技术的提高和产量的增加，新疆棉花原来高产量高质量的优势将会慢慢的减弱。生产成本、人工成本的攀升和新疆部分地区棉花经营机制难以改变，将会导致新疆棉花在我国和世界棉花产业中失去竞争地位和领导地位，这种资源优势在未来棉花领域中将会逐渐减弱，而且新疆优质棉花基地和主产区的地位都会面临极大的挑战，棉花产业的各种问题、各种矛盾将会日益突出。
良种棉花繁育亟待拯救
新疆除了以长绒棉良种繁殖为主导外，所有细绒棉的良繁工作几乎都在模仿我国其他产棉区进行，几乎没有一个像样的细绒棉本地品种。虽然目前新疆是我国最大的原种棉繁殖基地，每年繁殖的棉花良种也基本能够满足播种需求，并逐步建成了棉花良种繁育体系，但是新疆棉花的繁殖育种工作和种子销售工作显得“多、乱、杂”，没有真正构建起棉花良种“繁殖、生产、检验、包装、销售”的管理系统和质量控制体系，造成了新疆棉花品种种子市场价格混乱、品种繁多、质量良莠不齐的现象。因此建立健全新疆棉花良种繁殖体系和种子销售管理体系是摆在当前棉花种子良繁领域和种子管理部门的主要议题。
加强和完善棉花良种繁殖体系应充分利用科技创新、合理布局、强化管理手段，把目前的种植工程、育种产业、田间栽培有机结合起来，根据市场需求和棉花种子技术高规格的要求，重点建设以核心种子田和原种繁殖田为主的高标准良种繁育田，完善各类配套的基础设施，逐步形成种子研发、原种繁殖、区域试验、生产推广的产业体系。政府应实施种子新品种产量高、质量好、性能稳定、抗病虫害强大面积推广奖励计划，提高广大农业科技人员的积极性，完善种子市场的采购、销售管理，制定种子市场采购、销售的惩罚条例，从根本上改变种子市场的混乱状况。
机械化是必由之路
新疆的地域优势造就了新疆棉花在种植、采摘、加工产业实施机械化相对容易。但是新疆棉花产业的机械化程度相对于美国、澳大利亚来说，还处于初步阶段，依靠手工劳作的现象还十分普遍。尤其是在棉花采摘方面，器材摘棉花还处于刚刚起步阶段。随着人力资源成本的成倍攀升，发展机械化种植、采摘、加工是新疆棉花的必由之路。这就要求各地政府必须加大对农民应用机械的扶持力度。
就目前而言新疆的棉花种植、加工产业参差不齐，差异较大。新疆棉花种植也没有统一的规范化标准，体现在棉花产业上新疆地方棉花单产与新疆生产建设兵团棉花大约相差20%左右，这就说明新疆棉花产量的空间发展还是巨大的。因此新疆自治区政府和各地州政府、相关植棉企业管理机构未来应继续扶持地方棉花种植大户向新疆生产建设兵团学习，在种植要求、种植管理上规范化、标准化，进一步提高新疆棉花的产量和质量。
稳定棉花质量等级成关键
由于籽棉收购市场的敞开，新疆轧花厂的数量显得与新疆棉花的实际产量极为不对等。现有的新疆轧花厂大约有820家左右，可以加工棉花量达到550万吨，而新疆实际棉花产量最高也不过300万吨。利益的驱动造成了新疆轧花厂的数量比需要的数量多50%~60%，多年以来多次出现轧花厂哄抢籽棉现象。众多轧花厂设备档次参差不齐，落后设备较多，加工速度和工艺没有标准化管理，导致经过加工后棉花质量严重下降。检验机构对各级轧花厂的监督几乎为零，导致了新疆棉花质量等级混乱。
因此棉花监控、检验管理职能部门加强对轧花企业、棉花经营企业的关键标准控制，是保证新疆棉花未来质量等级稳定的必要手段，建立强化检验机制是保证新疆优质棉享誉世界的关键。
异性纤维应重视
多年来，新疆棉花的“异性纤维”问题始终没有得到很好的解决。
关于棉花中的异性纤维问题，下游纺织企业和棉花质量监督部门在不断呼吁，但棉花种植、生产、加工、运输企业似乎都无动于衷。因为新疆棉花的种植、采摘、加工都没有形成集约化，各自为政是常见的现象。要减少异性纤维，政府职能部门必须采取强有力的控制和奖罚措施，异性纤维的控制必须采取定性和定量来执行，这样才可能降低和杜绝棉花中的异性纤维。
保证棉农收益才能长久发展
近两年，地膜、农药、化肥等重要农业生产资料价格上涨和土地承包单价上升、采棉花成本翻番，加上棉花价格的不稳定，新疆棉农经常会面临增产不增收的情况，棉花的种植面积也是时高时低。改变这一现状的可行措施是加大对植棉棉农的农资和种子等补贴，保持新疆优质棉基地的长久不衰。
我国棉花棉农的补贴与美国棉花棉农的补贴相比大约要少3~5倍，所以政府对棉花棉农的补贴应该从多方面入手，不仅种子直补而且农药、化肥、农机、滴灌和其他生产资料也应该直补，将棉农的生产成本降到1200元/亩以内，保证棉花籽棉的收购价在8元/公斤，这样无论是棉农还是棉花生产、加工经营者都会得到一定的收益。
新疆棉花在一段时间内经常出现棉价大起大落现象，其关键是新疆虽然有众多的棉花经营企业，但是大约70%左右的棉花的经营权掌握在几大棉麻公司和新疆生产建设兵团的各师部手中。棉花上涨时他们大量囤货，而棉花下降时他们又大量抛货，这样的操作是造成新疆棉花价格波动的一个重要因素之一。理性地分析市场和适度储存棉花是新疆棉花市场与国际市场融合的关键，需要银行、政府、职能部门与棉花大企业之间良好协商与沟通。
